| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 612,997 | 3 bp→TTC | coding (1851‑1853/2844 nt) | SAUSA300_RS02915 → | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 612,997 | 0 | C | T | 99.4% | 1924.9 / ‑5.6 | 1111 | D617D (GAC→GAT) | SAUSA300_RS02915 | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/1); new base T (1070/33); total (1077/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_007793 | 612,998 | 0 | A | T | 99.5% | 1947.8 / ‑1.5 | 1112 | S618C (AGT→TGT) | SAUSA300_RS02915 | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/1); new base T (1071/33); total (1078/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
| * | NC_007793 | 612,999 | 0 | G | C | 99.5% | 1885.1 / ‑0.2 | 1112 | S618T (AGT→ACT) | SAUSA300_RS02915 | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/1); new base C (1073/32); total (1078/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1113 total aligned reads displayed.
AACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑C‑‑‑AAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGACAGTAATAAAGATGGTAAACAAGATTCGACTGAAAAAGGAATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTGCAAAACGAAAAAGGCGAAGTAATTGGTACAACTGAA > NC_007793/612898‑613096 ||| acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:3536699/4‑100 (MQ=9) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:1155816/4‑100 (MQ=9) acaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAg > 1:5181122/4‑100 (MQ=9) ccaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt > 1:2741609/3‑99 (MQ=9) acttgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttac > 1:4664436/5‑97 (MQ=9) ttgccTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacc > 1:5134289/5‑96 (MQ=9) gatgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATATATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacc > 1:6064562/4‑96 (MQ=9) atgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacca > 1:705842/3‑95 (MQ=9) atgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacca > 1:6370946/3‑95 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:2954505/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:2445302/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:2408848/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:5366373/1‑100 (MQ=9) ccTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:3787067/2‑100 (MQ=9) cTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGa > 1:5483689/1‑100 (MQ=9) cTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGa > 1:2113610/1‑100 (MQ=9) cTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGa > 1:6414719/1‑100 (MQ=9) actacaactGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGa > 1:1370092/4‑100 (MQ=9) tGACAACTGTACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGac > 1:4604197/1‑99 (MQ=9) tGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGac > 1:784101/1‑99 (MQ=9) tGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGac > 1:2587419/1‑99 (MQ=9) cgACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGac > 1:2641673/2‑99 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGCTGGTTACCAAGaca > 1:4836293/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:3435444/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:4171895/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:359975/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:4482381/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:4368025/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:4054227/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:5151157/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:4219203/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca < 1:4976365/100‑3 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:1075556/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:5241605/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:5825972/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:5857582/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:612743/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:6204373/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:6489332/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:660165/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:837291/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 1:938470/1‑98 (MQ=9) gACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTC‑‑‑TAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGaca > 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1:1107522/1‑92 (MQ=255) aaaTACAGCTTAGGCGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:5641415/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGAGATTATGTATGGTCTGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGCATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:3140361/1‑95 (MQ=9) aaaTACAGCTTAGGAGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACtttaaaag > 1:1552542/1‑95 (MQ=9) atacAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAGACAATGATGAAAAAGGTATTAAAGGTGTTAAAGTTACttttaaagat > 1:3849432/1‑93 (MQ=9) ||| AACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑C‑‑‑AAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGACAGTAATAAAGATGGTAAACAAGATTCGACTGAAAAAGGAATTAAAGGTGTTAAAGTTACTTTGCAAAACGAAAAAGGCGAAGTAATTGGTACAACTGAA > NC_007793/612898‑613096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |