| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 612,932 | 2 bp→TG | coding (1786‑1787/2844 nt) | SAUSA300_RS02915 → | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 612,932 | 0 | A | T | 98.1% | 812.5 / 4.2 | 572 | M596L (ATG→TTG) | SAUSA300_RS02915 | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/1); new base T (543/17); total (553/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.71e-03 | |||||||||||
| * | NC_007793 | 612,933 | 0 | T | G | 97.9% | 815.8 / 11.3 | 581 | M596R (ATG→AGG) | SAUSA300_RS02915 | serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/1); new base G (551/18); total (562/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.39e-05 | |||||||||||
Only 100 of 582 total aligned reads displayed.
GCAAATGTAGGTACAGATGATGCTGTAGATTCTGATGGACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGACAGTAATAAAGATGGTAAACAAGATTCGACTGA > NC_007793/612857‑613029 || aGGTACAGATGATGCTGTAGATTCTGATGGACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑Ca > 1:3565558/1‑100 (MQ=255) ggACTAACTACAACAGGTGTCATTAAAGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGt > 1:2885044/1‑100 (MQ=255) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGTACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:6617201/95‑1 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:1167485/95‑1 (MQ=9) gtacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCtaataa < 1:3964811/95‑1 (MQ=9) cacaaTTAAAGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATaaa > 1:4847653/5‑100 (MQ=9) taaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt > 1:2275023/2‑99 (MQ=9) aaaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATgggt > 1:714512/1‑98 (MQ=9) aaaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtt > 1:424201/1‑99 (MQ=9) caGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtta > 1:3401317/2‑98 (MQ=9) aaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtta > 1:3653776/1‑98 (MQ=9) aaGATGCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGtta > 1:188923/1‑98 (MQ=9) aaGACGCTGACAACATGACATTAGATAGTGGATTCTACAAAACAC‑‑‑CAAAATATAGTTTAGGTGATTATGTTTGGTACGACAGTAATAAAGATGGTAAACa < 1:3255310/100‑1 (MQ=255) ccatgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttac > 1:2452761/5‑97 (MQ=9) aGATGCTGACAACTGGACTTTGGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttac > 1:687837/1‑97 (MQ=9) ttgccTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacc > 1:5134289/5‑96 (MQ=9) tgtgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGAtcggaaga > 1:1565014/4‑93 (MQ=2) aatgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacc > 1:4753185/4‑96 (MQ=9) atgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacca > 1:1520299/3‑95 (MQ=9) atgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGttacca > 1:6370946/3‑95 (MQ=9) tgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCaa > 1:5882260/2‑100 (MQ=9) tgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCaa > 1:5019137/2‑100 (MQ=9) tgCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCaa > 1:5065058/2‑100 (MQ=9) atcTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCaa > 1:2315523/3‑100 (MQ=9) accTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCaa > 1:5387335/3‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:3182555/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:1814733/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:1224250/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:835820/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:2728135/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:5421531/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:2360185/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:4413722/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:2179713/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:2049185/1‑100 (MQ=9) gCTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:1754200/1‑100 (MQ=9) ccTGACAACTGGACTTTAGATAGTGGATTCTACAAAACGCCTTCTAAATACAGCTTAGGTGATTATGTATGGTACGATTCTAATAAAGATGGTTACCAAg > 1:5104545/2‑100 (MQ=9) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |