| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 545,208 | C→T | intergenic (+20/‑160) | SAUSA300_RS02610 → / → SAUSA300_RS02615 | RNA‑binding protein S1/tRNA(Ile)‑lysidine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 545,208 | 0 | C | T | 96.9% | 178.3 / ‑3.9 | 65 | intergenic (+20/‑160) | SAUSA300_RS02610/SAUSA300_RS02615 | RNA‑binding protein S1/tRNA(Ile)‑lysidine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (62/1); total (64/1) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AGATAGTGAAGATAAATTAACTTCAATCAAACGTCAAACAGAATCTAGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGCTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTTAGACAATCTAAGACTGTTTCTTAAATAAGGAGCAGTCTC > NC_007793/545113‑545301 | tgATAGTGAAGATAAATTAACTTCAATCAAACGTCAAACAGAATCTAGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGcagat > 1:1437813/2‑96 (MQ=255)aGATAGTGAAGATAAATTAACTTCAATCAAACGTCAAACAGAATCTAGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCg > 1:5025855/1‑100 (MQ=255) aGTGAAGATAAATTAACTTCAATCAAACGTCAAACAGAATCTAGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATaa > 1:1511392/1‑100 (MQ=255) aGTGAAGATAAATTAACTTCAATCAAACGTCAAACAGAATATAGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATaa > 1:1162118/1‑100 (MQ=255) caaACGTCAAACAGAATCTAGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAatgatacag > 1:1544795/1‑96 (MQ=255) tCAAACAGAATCTAGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCAGATCgga > 1:1808110/1‑98 (MQ=255) 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1:1943859/1‑100 (MQ=255) ccTAGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTg > 1:4864203/2‑100 (MQ=255) acTAGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTg > 1:653610/2‑100 (MQ=255) cTAGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGc > 1:4845715/1‑100 (MQ=255) cTAGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGc > 1:5849615/1‑100 (MQ=255) cTAGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGc > 1:2487423/1‑100 (MQ=255) gtggcccgGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCa > 1:3603245/7‑100 (MQ=255) aGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAGTAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAg > 1:2222183/1‑100 (MQ=255) 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1:5039887/1‑100 (MQ=255) aGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAg > 1:6511229/1‑100 (MQ=255) aGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAg > 1:757630/1‑100 (MQ=255) aGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAg > 1:782730/1‑100 (MQ=255) aGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAg > 1:4591227/1‑100 (MQ=255) aGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAg > 1:96971/1‑100 (MQ=255) aGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAg > 1:1109276/1‑100 (MQ=255) aGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAg > 1:2381939/1‑100 (MQ=255) 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1:2914382/1‑100 (MQ=255) aGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAg > 1:2973022/1‑100 (MQ=255) aGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAg > 1:3381514/1‑100 (MQ=255) aGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGCTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAg > 1:2674652/1‑100 (MQ=255) gcgGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGtt < 1:385755/100‑1 (MQ=255) tgTGGCAAAGGTTCAAGGCGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTTAg > 1:2882552/2‑100 (MQ=255) tgTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTTAg > 1:17898/2‑100 (MQ=255) cgTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTTAg > 1:6476501/2‑100 (MQ=255) 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1:703879/1‑100 (MQ=255) ggCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTTAGACa > 1:3496166/1‑100 (MQ=255) ggCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTCAGACa > 1:1732389/1‑100 (MQ=255) ggCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGCTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTTAGACa > 1:1342319/1‑100 (MQ=255) gaaGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTTAGACAATc > 1:1238280/2‑100 (MQ=255) aaGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTTAGACAATCt > 1:2478338/1‑100 (MQ=255) aGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTTAGACAATCTAAGACTGTTTCTTGAATAAGGAGCAGtctc > 1:5566496/1‑100 (MQ=255) aGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTTAGACAATCTAAGACTGTTTCTTAAATAAGGAGCAGtctc > 1:4657310/1‑100 (MQ=255) | AGATAGTGAAGATAAATTAACTTCAATCAAACGTCAAACAGAATCTAGACGCGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGCTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTTAGACAATCTAAGACTGTTTCTTAAATAAGGAGCAGTCTC > NC_007793/545113‑545301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |