| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 542,249 | A→G | A319A (GCA→GCG) | SAUSA300_RS02590 → | stage V sporulation protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 542,249 | 0 | A | G | 97.6% | 103.6 / ‑4.8 | 42 | A319A (GCA→GCG) | SAUSA300_RS02590 | stage V sporulation protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (35/6); total (36/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
CCTCTGTTAAGTGACGCAATTAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCAGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTACGG > NC_007793/542151‑542343 | actctGTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTAcagcagcag > 1:301796/2‑100 (MQ=255) tctGTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGa < 1:5091871/100‑1 (MQ=255) ctGTTAAGTGGCGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGag > 1:1634194/1‑99 (MQ=255) ctGTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGag > 1:6103576/1‑99 (MQ=255) ctGTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGaa > 1:5030183/1‑100 (MQ=255) ctGTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGaa > 1:1444868/1‑100 (MQ=255) ctGTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGaa > 1:6453206/1‑100 (MQ=255) tGTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGAAt < 1:4006805/100‑1 (MQ=255) gTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCCGCGGGagat > 1:1345501/1‑97 (MQ=255) gTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCATCGGGagat > 1:851635/1‑97 (MQ=255) gTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGagat > 1:4699269/1‑97 (MQ=255) gTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGagat > 1:333250/1‑97 (MQ=255) gTTAAGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGagat > 1:5490022/1‑97 (MQ=255) ttctacgACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTAGGCAAATGCGTCATTAAAGAGTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCCGGagatc > 1:4363021/7‑96 (MQ=255) aaGTGACGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAACAGCAGGagatcgg > 1:4942279/1‑94 (MQ=255) cGCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGAATAGGattaatt < 1:5645995/100‑1 (MQ=255) gCAATCAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGAATAGGattaatta < 1:911076/100‑1 (MQ=255) cTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGgtg < 1:712630/100‑1 (MQ=255) aTTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACgg < 1:5340383/100‑2 (MQ=255) taataaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTta > 1:638427/1‑100 (MQ=255) taataaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTta > 1:2157679/1‑100 (MQ=255) taataaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTta > 1:4392211/1‑100 (MQ=255) aaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAATGGTGTGTTCTTTAAGACGAATGCTTTAACCTTAACGATAAGCGTTTATATg > 1:1665561/1‑100 (MQ=255) aaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATg > 1:6599673/1‑100 (MQ=255) aaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATg > 1:3671334/1‑100 (MQ=255) aaGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATg > 1:4881110/1‑100 (MQ=255) tgTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGa > 1:3626231/2‑100 (MQ=255) aGTACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGa > 1:6175839/1‑100 (MQ=255) ctgcagcagcggGGATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGAt > 1:2090906/4‑100 (MQ=255) tACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGAtt > 1:966197/1‑100 (MQ=255) tACAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGAtt > 1:4438271/1‑100 (MQ=255) gaCAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGAtt > 1:2654144/2‑100 (MQ=255) gaCAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGAtt > 1:2652757/2‑100 (MQ=255) aaCAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGAtt > 1:6383974/2‑100 (MQ=255) tcagcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTa > 1:2071247/2‑100 (MQ=255) acggcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTa > 1:1243128/4‑100 (MQ=255) aCAGCAGCGGGAATAGGTTTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTa > 1:606639/1‑100 (MQ=255) aCAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTa > 1:2692640/1‑100 (MQ=255) aCAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTa > 1:6085375/1‑100 (MQ=255) aCAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTa > 1:2796270/1‑100 (MQ=255) aCAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTa > 1:2432500/1‑100 (MQ=255) aCAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTa > 1:3683440/1‑100 (MQ=255) aCAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTa > 1:1745890/1‑100 (MQ=255) aCAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTa > 1:4531599/1‑100 (MQ=255) aCAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGCGTTTATATGATTa > 1:3803230/1‑100 (MQ=255) aCAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAATGTTTATATGATTa > 1:4881806/1‑100 (MQ=255) aCAGCAGCGGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAATGTTTATATGATTa > 1:4858846/1‑100 (MQ=255) tagcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGATTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGATAAGTGTTTATATGATTAc > 1:4108073/2‑100 (MQ=255) cagcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTAc > 1:1345926/1‑100 (MQ=255) cagcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTAc > 1:129828/1‑100 (MQ=255) cagcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTAc > 1:5939331/1‑100 (MQ=255) cagcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTAc > 1:5628447/1‑100 (MQ=255) cagcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTAc > 1:3293785/1‑100 (MQ=255) cagcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTAc > 1:3879384/1‑100 (MQ=255) cagcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTAc > 1:5021791/1‑100 (MQ=255) cagcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTAc > 1:430671/1‑100 (MQ=255) aagcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTAc > 1:1983045/2‑100 (MQ=255) tgcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTACg > 1:5793525/2‑100 (MQ=255) ctcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTACg > 1:5724709/3‑100 (MQ=255) cgcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTACg > 1:6188955/2‑100 (MQ=255) gcagcggGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTACgg > 1:6391120/1‑100 (MQ=255) | CCTCTGTTAAGTGACGCAATTAAAATGAATAATCAGGTACTTATGAATCGTTATGCAAATGCGTCATTAAAGATTACGATTTTAATAAGTACAGCAGCAGGAATAGGATTAATTAATTTATTGCCTTTAATGAACGGTGTGTTTTTTAAGACGAATGATTTAACCTTAACGTTAAGTGTTTATATGATTACGG > NC_007793/542151‑542343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |