Predicted mutation
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RA	NC_007793	529,026	A→C	E98D (GAA→GAC)	SAUSA300_RS02520 →	ribonuclease M5

Read alignment evidence...
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*	NC_007793	529,026	0	A	C	98.3%	148.4 / NA	59	E98D (GAA→GAC)	SAUSA300_RS02520	ribonuclease M5
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (1/0);  new base C (54/4);  total (55/4)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01

ACAATTACTGAACATGTCAAAGGTGTTAAACATGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGAATTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACCCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTAATAGAGTTGGGGT  >  NC_007793/528931‑529120                                                                                                |                                                                                               aCAATTACTGAACATGTCAAAGGTGTTAAACATGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGGACATGCCGacttaa                                                                                            >  1:4822023/1‑100 (MQ=255)          gAACATGTCAAAGGTGTTAAACATGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTa                                                                                   >  1:3735052/1‑100 (MQ=255)           aaCATGTCAAAGGTGTTAAACATGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTaa                                                                                  <  1:5569791/100‑1 (MQ=255)            aCATGTCAAAGGTGTTAAACATGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTaaa                                                                                 >  1:620257/1‑100 (MQ=255)                          ctAAACATGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCa                                                                   >  1:4456684/2‑100 (MQ=255)                             taCATGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGt                                                                >  1:2188393/2‑100 (MQ=255)                             accgtGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGt                                                                >  1:3260515/5‑100 (MQ=255)                              tgctGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGtt                                                               >  1:2496794/4‑100 (MQ=255)                              tcctGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGtt                                                               >  1:1719522/4‑100 (MQ=255)                              aCATGCGTATATTGAGAGAGAAAAAGCTAAAAATAGAAAAGGGAAAATTGGGGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGtt                                                               >  1:5437286/1‑100 (MQ=255)                               gaTGCGTATATTGTTAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTa                                                              >  1:4796270/2‑100 (MQ=255)                               cacgCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTa                                                              >  1:3422994/4‑100 (MQ=255)                               cATGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTa                                                              >  1:849821/1‑100 (MQ=255)                               cATGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTa                                                              >  1:2227045/1‑100 (MQ=255)                               actGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTa                                                              >  1:3288909/3‑100 (MQ=255)                                ctGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAg                                                             >  1:5010436/2‑100 (MQ=255)                                 tGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGt                                                            >  1:2848763/1‑100 (MQ=255)                                  gCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAATGATAAGAACGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAAGTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGtt                                                           >  1:6279980/1‑100 (MQ=255) 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                                       atTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCActct                                                     >  1:5757832/1‑100 (MQ=255)                                         gtGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCtt                                                    >  1:1769186/2‑100 (MQ=255)                                             agtaactaaaGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTtgat                                                >  1:3627158/8‑100 (MQ=255)                                                    aaaGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCtt                                         >  1:1203291/1‑100 (MQ=255)                                                       gCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATg                                      <  1:1834830/100‑1 (MQ=255)                                                          aaaaataaaaaAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAAt                                   >  1:2425113/1‑100 (MQ=255)                                                          aaaaataaaaaAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAAt                                   >  1:6219496/1‑100 (MQ=255)                                                                aaaaaaGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTg                             >  1:1448148/1‑100 (MQ=255)                                                                aaaaaaGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTg                             >  1:1320521/1‑100 (MQ=255)                                                                   tcaGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATa                          >  1:3091640/3‑100 (MQ=255)                                                                   taaGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATa                          >  1:3694354/2‑100 (MQ=255)                                                                   aaaGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATa                          >  1:2277724/1‑100 (MQ=255)                                                                    aaGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATaa                         >  1:6010173/1‑100 (MQ=255)                                                                    aaGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATaa                         >  1:876208/1‑100 (MQ=255)                                                                    aaGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATaa                         >  1:217276/1‑100 (MQ=255)                                                                    aaGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACGCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATaa                         >  1:1984597/1‑100 (MQ=255)                                                                     aGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATaaa                        >  1:2940749/1‑100 (MQ=255)                                                                     aGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATaaa                        >  1:5549222/1‑100 (MQ=255)                                                                      gggAAAATTGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAAt                       >  1:4256178/1‑100 (MQ=255)                                                                           gaTTGGTGTTGAACATGCCGAATTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCtgtg                  >  1:5206854/2‑100 (MQ=255)                                                                            tttGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGc                 >  1:5264468/2‑100 (MQ=255)                                                                             ttGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCt                <  1:470808/100‑1 (MQ=255)                                                                              tGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTa               >  1:6339563/1‑100 (MQ=255)                                                                              tGGTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTa               >  1:3052207/1‑100 (MQ=255)                                                                               ggTGTTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTaa              >  1:2165631/1‑100 (MQ=255)                                                                                gtgtTGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTAAt             <  1:641908/100‑1 (MQ=255)                                                                                    tGAACATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTAATagag         >  1:2169589/1‑100 (MQ=255)                                                                                    gctaCATGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTAATagag         >  1:3615773/4‑100 (MQ=255) 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                                                                                        aTGCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTAATAGAGTTggg    >  1:4637105/1‑100 (MQ=255)                                                                                           gCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTAATAGAGTTgggcc  >  1:3949569/1‑98 (MQ=255)                                                                                           gCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTAATAGAGTTGGGGt  >  1:3646595/1‑100 (MQ=255)                                                                                           gCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTAATAGAGTTGGGGt  >  1:6383569/1‑100 (MQ=255)                                                                                           gCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTAATAGAGTTGGGGt  >  1:3667482/1‑100 (MQ=255)                                                                                           gCCGACTTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACTCTTTGATGAAGCTGATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTAATAGAGTTGGGGt  >  1:3255965/1‑100 (MQ=255)                                                                                                |                                                                                               ACAATTACTGAACATGTCAAAGGTGTTAAACATGCGTATATTGATAGAGAAAAAGCTAAAAATAAAAAAGGGAAAATTGGTGTTGAACATGCCGAATTAATTGATATTAAAGAAGCGTTAATGCATGTTAGTTCACCCTTTGATGAAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTAATAGAGTTGGGGT  >  NC_007793/528931‑529120

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑