| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 34,179 | T→A | A156A (GCT→GCA) | SAUSA300_RS00135 → | 23S rRNA (pseudouridine(1915)‑N(3))‑methyltransferase RlmH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 34,179 | 0 | T | A | 97.2% | 91.4 / ‑4.9 | 36 | A156A (GCT→GCA) | SAUSA300_RS00135 | 23S rRNA (pseudouridine(1915)‑N(3))‑methyltransferase RlmH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (35/0); minor base G (0/1); total (35/1) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
CTATCATTCAGCAAAATGACATTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCTTATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTA > NC_007793/34084‑34274 | cTATCATTCAGCAAAATGACATTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCGTaca < 1:2183109/100‑3 (MQ=255) atcactaacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAAtt > 1:4715810/11‑100 (MQ=21) cactaacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCTTAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGTGGTTTATGTGAATTGc > 1:6538427/9‑100 (MQ=255) cactaacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGc > 1:3194275/9‑100 (MQ=21) cactaacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGc > 1:609271/9‑100 (MQ=21) cactaacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGc > 1:515881/9‑100 (MQ=21) cactaacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGc > 1:2138355/9‑100 (MQ=21) ctaacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTg > 1:307474/7‑100 (MQ=21) ctaacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTg > 1:923908/7‑100 (MQ=21) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:1345568/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:1463343/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:6314635/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:6559047/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:1503189/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:5852455/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:571240/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:1677641/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:476683/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:1956561/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:6584424/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:4557601/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:4534028/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:3877411/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:3667783/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:2698885/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:2512095/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:2479412/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:2300031/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:2181782/5‑100 (MQ=255) aacaaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGACTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGtt > 1:2956281/5‑100 (MQ=21) cttaggggAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGGATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTa > 1:4328744/4‑100 (MQ=21) ggaAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGtttt > 1:217971/2‑100 (MQ=255) gaAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGttttt > 1:4605250/1‑100 (MQ=255) caaGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGttttt > 1:96141/2‑100 (MQ=255) aaaGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGTATTGCTGTTATGttttt > 1:6427165/2‑100 (MQ=255) caGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTa > 1:6197474/2‑100 (MQ=255) | CTATCATTCAGCAAAATGACATTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCTTATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTA > NC_007793/34084‑34274 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |