| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,623,591 | C→T | intergenic (‑97/+1325) | SAUSA300_RS13500 ← / ← SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,623,591 | 0 | C | T | 93.1% | 900.5 / 22.9 | 363 | intergenic (‑97/+1325) | SAUSA300_RS13500/SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/24); new base T (6/331); total (7/356) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 368 total aligned reads displayed.
CACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTGGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCATTAACTGGATCTTTTGTGATTTCTTCTTTCGATTCACCTTTACTAATAATTTCTCCAGTTA > NC_007793/2623492‑2623685 | cACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGc < 1:2898765/100‑1 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTgg < 1:3593524/100‑1 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTgg < 1:1219541/100‑1 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTgg < 1:4476266/100‑1 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTgg < 1:4943824/100‑1 (MQ=255) ttttCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGt < 1:5332459/100‑1 (MQ=255) 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1:1781758/97‑1 (MQ=255) gttCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCg < 1:1079579/99‑1 (MQ=255) gttCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCg < 1:2110634/99‑1 (MQ=255) ttCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCAcctg < 1:3446009/100‑3 (MQ=255) tCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGaa < 1:1022881/100‑1 (MQ=255) ttaatgccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAAta < 1:3322699/94‑2 (MQ=255) taatgccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGaagat > 1:1909349/6‑97 (MQ=255) taatgccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAAttg < 1:3179344/95‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |