| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,623,570 | A→G | intergenic (‑76/+1346) | SAUSA300_RS13500 ← / ← SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,623,570 | 0 | A | G | 93.7% | 1039.9 / 31.0 | 445 | intergenic (‑76/+1346) | SAUSA300_RS13500/SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/27); new base G (7/410); total (8/437) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 446 total aligned reads displayed.
TCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTGGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCATTAACTGGATCTTTTGTGATTTCTTCTTTCGA > NC_007793/2623475‑2623656 | ccgatcttaccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCttt < 1:4715695/90‑1 (MQ=255) ctcttccgatcTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTTCCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTAt < 1:6039482/90‑1 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTg < 1:4519626/99‑1 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTg < 1:3260592/99‑1 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTg < 1:3884680/99‑1 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTg < 1:5734373/99‑1 (MQ=255) 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1:6274229/100‑2 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGt < 1:2313983/100‑1 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGt < 1:1227337/100‑1 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGt < 1:5705017/100‑1 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGt < 1:414051/100‑1 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGt < 1:506255/100‑1 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGt < 1:223667/100‑1 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGt < 1:423390/100‑1 (MQ=255) ttaccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTGAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGtg < 1:1145539/97‑2 (MQ=255) ttaccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGtg < 1:4635456/97‑2 (MQ=255) ttaccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGtg < 1:731075/97‑2 (MQ=255) ttaccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGtg < 1:2781205/97‑2 (MQ=255) ttaccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTa < 1:4667711/97‑1 (MQ=255) ttCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTAt < 1:1763773/100‑1 (MQ=255) accTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTagt < 1:5202914/99‑3 (MQ=255) cTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTAGTAAGTGTGAATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGtgcttc < 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1:6128505/1‑95 (MQ=255) gTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTGTGTGATTTc < 1:33658/100‑1 (MQ=255) gTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTGTGTGATTTc < 1:5267324/100‑1 (MQ=255) gTTTACCTGGTACTGCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTGTGTGATTTc < 1:4964439/100‑1 (MQ=255) tACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCAtt > 1:3127772/1‑100 (MQ=255) gTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCATTAACTgg < 1:2979013/100‑1 (MQ=255) gTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCATTAACTgc < 1:2853888/100‑2 (MQ=255) cTGTTGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCATTAACTGGATCTTTTGTGATttcttt < 1:1284552/100‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |