| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,623,555 | G→T | intergenic (‑61/+1361) | SAUSA300_RS13500 ← / ← SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,623,555 | 0 | G | T | 99.8% | 1165.6 / NA | 425 | intergenic (‑61/+1361) | SAUSA300_RS13500/SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (9/414); minor base C (1/0); total (10/415) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 425 total aligned reads displayed.
GTGTTTAATCACATCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTGGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCATTAACTGGATCTTTTGTGATTTCTT > NC_007793/2623459‑2623649 | gtgtTTAATCACATCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGt < 1:6101237/100‑1 (MQ=255) cacaTCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGa > 1:3517445/1‑100 (MQ=255) gaggtgttaccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAGGTTTGGATCGAACTCATCttt < 1:2752051/90‑1 (MQ=255) ggtgttaccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTAt < 1:4777519/92‑1 (MQ=255) ctcttccgatcTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTTCCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTAt < 1:6039482/90‑1 (MQ=255) gtgttaccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATg < 1:800849/93‑1 (MQ=255) taccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCt > 1:4271044/4‑100 (MQ=255) accACTTTACCTGTCTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCtt < 1:4934231/98‑1 (MQ=255) gatcTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTg < 1:5689088/97‑1 (MQ=255) ccgatctgccTGTTCCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTGCCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTg < 1:4851680/92‑1 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCttt < 1:5429747/99‑2 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCtta < 1:3925010/99‑2 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTg < 1:342459/99‑1 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTg < 1:4527681/99‑1 (MQ=255) cgatctcccTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTgt < 1:3617773/93‑2 (MQ=38) cACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGGCCTTgt < 1:1973132/100‑2 (MQ=255) cACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTgt < 1:1697731/100‑2 (MQ=255) cACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGc < 1:560701/100‑1 (MQ=255) cACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTGCGGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTgt < 1:1437981/100‑2 (MQ=255) atcTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTgt < 1:40714/98‑2 (MQ=255) aCTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTgtg < 1:1086701/100‑3 (MQ=255) aCTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTgtg < 1:4671697/100‑3 (MQ=255) aCTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTgtg < 1:472061/100‑3 (MQ=255) aCTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTgtg < 1:5107141/100‑3 (MQ=255) aCTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTgtg < 1:5176207/100‑3 (MQ=255) aCTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTgaa < 1:6479725/100‑3 (MQ=255) aCTTTACCTGTTTCGGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTggc < 1:4976732/100‑3 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTgtgc < 1:4145529/100‑4 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTgtgc < 1:4875083/100‑4 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTgtga < 1:2499999/100‑4 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTgg < 1:1583371/100‑1 (MQ=255) ttttCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGt < 1:5332459/100‑1 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTTCTTCTTCTGTGCCGACAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTgtagt < 1:6241628/100‑5 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGt < 1:5514649/100‑1 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGt < 1:1227337/100‑1 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGt < 1:3254365/100‑1 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGt < 1:2207569/100‑1 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGt < 1:6199753/100‑1 (MQ=255) tttaCCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGt < 1:1549523/100‑1 (MQ=255) ttaccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTGAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGtg < 1:1145539/97‑2 (MQ=255) ttaccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTa < 1:5941365/97‑1 (MQ=255) taccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGtgg < 1:2916420/98‑3 (MQ=255) taccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGtgg < 1:696555/98‑3 (MQ=255) accTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGGACTCATCTTTATGACATTGTGGTact < 1:4115207/99‑3 (MQ=255) ccagtttCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTActt < 1:6213560/94‑1 (MQ=255) ccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTacta < 1:5547763/100‑4 (MQ=255) ccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTActt < 1:4651702/100‑1 (MQ=255) cTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTAGTAAGTGTGAATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGtgcttc < 1:1464448/100‑6 (MQ=255) cTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTActtcttcagg < 1:4567196/100‑8 (MQ=255) ggttCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCAcc < 1:1775664/98‑1 (MQ=255) gttCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCg < 1:2110634/99‑1 (MQ=255) 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1:5742864/96‑3 (MQ=255) atgccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATtgtg < 1:1757742/97‑1 (MQ=255) atgccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATtgtg < 1:2629846/97‑1 (MQ=255) atgccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATtgtg < 1:656334/97‑1 (MQ=255) atgccTGGTTTACCTGGTACTTCCTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATtgtg < 1:3096421/97‑1 (MQ=255) tgccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTTAGTTTGGATCGAACTCGTCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgt < 1:6425202/98‑1 (MQ=255) tgccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTGAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATtgtgc < 1:744442/98‑2 (MQ=255) tgccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATtgtgc < 1:1887986/98‑2 (MQ=255) tgccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgt < 1:954039/98‑1 (MQ=255) tgccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgt < 1:3273640/98‑1 (MQ=255) tgccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgt < 1:2140916/98‑1 (MQ=255) tgccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgt < 1:4474094/98‑1 (MQ=255) tCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGtt < 1:659467/100‑1 (MQ=255) gccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATtgtgca < 1:3174057/99‑3 (MQ=255) gccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtg < 1:5215998/99‑2 (MQ=255) gccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtg < 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gccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtg < 1:5353712/99‑2 (MQ=255) gccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtg < 1:3321240/99‑2 (MQ=255) gccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTAAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGCCCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtg < 1:5249288/99‑2 (MQ=255) ccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtga < 1:5967303/100‑3 (MQ=255) cTGGTTTGCCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtgat < 1:3452844/100‑4 (MQ=255) cTGGTTTGCCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtgat < 1:834242/100‑4 (MQ=255) cTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtgat < 1:4488899/100‑4 (MQ=255) cTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtgat < 1:6289755/100‑4 (MQ=255) cTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAAATgtgtgat < 1:3563119/100‑4 (MQ=255) cTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGAACGAAGTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtgat < 1:5895957/100‑4 (MQ=255) tGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtggtt < 1:6331012/100‑5 (MQ=255) tGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtgatt < 1:1811688/100‑5 (MQ=255) tGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtgata < 1:530441/100‑5 (MQ=255) gTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCGCCGAATTGTGTGATTTc < 1:2332987/100‑1 (MQ=255) gTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTGTGTGATTTc < 1:3587701/100‑1 (MQ=255) gTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTGTGTGATTTc < 1:3728338/100‑1 (MQ=255) gTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGAGAGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTGTGTGATTTc < 1:5083377/100‑1 (MQ=255) tACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtgatcgggtt < 1:3481155/100‑10 (MQ=255) gTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCATTAACTgg < 1:2979013/100‑1 (MQ=255) | GTGTTTAATCACATCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTGGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCATTAACTGGATCTTTTGTGATTTCTT > NC_007793/2623459‑2623649 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |