| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,623,543 | C→T | intergenic (‑49/+1373) | SAUSA300_RS13500 ← / ← SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,623,543 | 0 | C | T | 92.7% | 1004.0 / 30.7 | 424 | intergenic (‑49/+1373) | SAUSA300_RS13500/SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/28); new base T (7/385); total (10/414) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.01e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 425 total aligned reads displayed.
GTCCGTGTTTAATCACATCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTGGGTAAGTTTGGATCAAAGAT‑ATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCATTAACTGGATCTTTTGT > NC_007793/2623455‑2623641 | tgtCTAATCACATCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTa < 1:3362945/100‑1 (MQ=255) atcCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTCGGTAAGATCGGaagagca > 1:2735537/1‑94 (MQ=38) gtgttaccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATg < 1:800849/93‑1 (MQ=255) taccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCt < 1:6044347/97‑1 (MQ=255) accACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCtt < 1:5519304/98‑1 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTg < 1:2393108/99‑1 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTg < 1:5085543/99‑1 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTg < 1:3260592/99‑1 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTg < 1:2932927/99‑1 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTCCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGAccagc < 1:4896745/99‑4 (MQ=255) ccACTTTACCTGTTCCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTg < 1:4854211/99‑1 (MQ=255) cACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgt < 1:6107160/100‑2 (MQ=255) cACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgt < 1:478521/100‑2 (MQ=255) cACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgg < 1:211074/100‑2 (MQ=255) cACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgg < 1:327607/100‑2 (MQ=255) aCTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgtg < 1:1086701/100‑3 (MQ=255) aCTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTgaa < 1:6479725/100‑3 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTGCTTCTTCTGTACCATCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTgg < 1:6201759/100‑1 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTTCCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTgg < 1:5694927/100‑1 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTgg < 1:4476266/100‑1 (MQ=255) cTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTgg < 1:1323775/100‑1 (MQ=255) 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1:2781205/97‑2 (MQ=255) ttaccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTGGTa < 1:6296634/97‑1 (MQ=255) ttaccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTGGTa < 1:4076140/97‑1 (MQ=255) ttaccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTGGTa < 1:413672/97‑1 (MQ=255) ttaccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTGGTa < 1:4333903/97‑1 (MQ=255) ttaccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGAT‑AGAGCTCATCTTTATGACCTTGTGGTa < 1:5216038/97‑1 (MQ=255) ctcttccgatCTGGGTTTTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTGGtg < 1:2277966/91‑2 (MQ=255) ctaccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTGGtg < 1:4701838/97‑2 (MQ=255) 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1:5187308/99‑2 (MQ=255) gccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtg < 1:4571327/99‑2 (MQ=255) gccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtg < 1:6254309/99‑2 (MQ=255) gccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTCGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtg < 1:474705/99‑2 (MQ=255) gccTGGTTTACCTGGTACTTCGTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtg < 1:3573965/99‑2 (MQ=255) ccTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtga < 1:4513505/100‑3 (MQ=255) cTGGTTTGCCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTgtgtgat < 1:834242/100‑4 (MQ=255) cTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATtgtgggct < 1:3424901/100‑5 (MQ=255) 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gTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTGTGTGATTTc < 1:1777905/100‑1 (MQ=255) gTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTC‑ATCTTTATGACCTTGTGGTACTTCTTCTCCACCGAATTGTGTGATTTc < 1:3747767/100‑1 (MQ=255) tACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGATCAAAGAT‑ATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCAtt > 1:3127772/1‑100 (MQ=255) gTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGATCAAAGAT‑ATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCATTAACTgg < 1:1999177/100‑1 (MQ=255) ccGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGATCAAAGAT‑ATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCATTAACTGGATCTTTtgt < 1:4539981/100‑1 (MQ=255) | GTCCGTGTTTAATCACATCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTGGGTAAGTTTGGATCAAAGAT‑ATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCACCGAATTCTGTTAATTCATTAACTGGATCTTTTGT > NC_007793/2623455‑2623641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |