| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,623,510 | A→G | intergenic (‑16/+1406) | SAUSA300_RS13500 ← / ← SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,623,510 | 0 | A | G | 88.3% | 425.1 / 36.4 | 213 | intergenic (‑16/+1406) | SAUSA300_RS13500/SAUSA300_RS13505 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/22); new base G (2/186); total (5/208) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
AAACGGTATCTCTACTGTTTTTGTTTCTGGTGTACCCGTTTTTGGTCCGTGTTTAATCACATCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTGGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCA > NC_007793/2623411‑2623606 | aaCGGTATCTCTACTGTTTTTGTTTCTGGTGTACCCGTTTTTGGTCCGTGTTTAATCACATCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGag < 1:6280913/100‑2 (MQ=255) ccgaTCTCTTCTGTTTTTGTTTCTGGTGTACCCGTTTTTGGTCCGTGTTTAATCACATCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCt < 1:3581414/97‑1 (MQ=255) gTATCTCTACTGTTTTTGTTTCTGGTGTACCCGTTTTTGGTCCGTGTTTAATCACATCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCtg < 1:4383703/100‑2 (MQ=255) tgtCTAATCACATCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTa < 1:3362945/100‑1 (MQ=255) ctttcCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTTGGTAAGTTTGGATCaa < 1:6186290/97‑1 (MQ=255) ggtgttaccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTAt < 1:4777519/92‑1 (MQ=255) ctcttccgatcTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTTCCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTAt < 1:6039482/90‑1 (MQ=255) gtgttaccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATg < 1:800849/93‑1 (MQ=255) taccACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCt < 1:3732255/97‑1 (MQ=255) accACTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCtt < 1:5519304/98‑1 (MQ=255) accACTTTACCTGTCTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCtt < 1:4934231/98‑1 (MQ=255) accACTTTACCTGTCTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCtg < 1:4903698/98‑2 (MQ=255) gatcTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCtat < 1:2304712/97‑3 (MQ=255) gatcTTTACCTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTg < 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1:5432180/92‑3 (MQ=255) taccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGtgg < 1:2916420/98‑3 (MQ=255) taccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTag < 1:1231552/98‑2 (MQ=255) taccTGTTTCTGGGGTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTag < 1:4857224/98‑2 (MQ=255) cccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTact < 1:3238756/99‑3 (MQ=255) accTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGGACTCATCTTTATGACATTGTGGTact < 1:4115207/99‑3 (MQ=255) accTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTact < 1:5974490/99‑3 (MQ=255) ttccgatCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGGACTCATCTTTATGACCTTGTGGTacta < 1:1443103/94‑4 (MQ=255) ccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGtggca < 1:2897168/100‑5 (MQ=255) ccTGTTTCTGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTActt < 1:4651702/100‑1 (MQ=255) tGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTGGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTActtcttctcca < 1:2707978/100‑9 (MQ=255) tGGGTTCTTAATGCCTGGTTTACCTGGTACTTCTTCTGTACCGTCAATTGGTAAGTTTCGATCGAACTCATCTTTATGACCTTGTGGTActtcttctccc < 1:5366774/100‑9 (MQ=255) | AAACGGTATCTCTACTGTTTTTGTTTCTGGTGTACCCGTTTTTGGTCCGTGTTTAATCACATCATCCACTGGCTCTTCGATCACTTTTCCTGTGTCTGGATTCTTGATTCCTGGTTTACCTGGTACTTTTTCCGTTTGATCTGTGGGTAAGTTTGGATCAAAGATATCTTTATGACCTTGCGGTATTTTCTCGCCA > NC_007793/2623411‑2623606 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |