| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,592,235 | C→T | V47I (GTT→ATT) | SAUSA300_RS13325 ← | antibiotic MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,592,235 | 0 | C | T | 99.7% | 795.2 / NA | 290 | V47I (GTT→ATT) | SAUSA300_RS13325 | antibiotic MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (29/260); minor base G (0/1); total (29/261) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
AAATAATTCTTAATACTTTAATGGGACCGACACGAGCAATAATTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAACGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACTAAAGAACATCAATGTTAAT > NC_007793/2592139‑2592332 | aaaTAATTCTTAATACTTTAATGGGACCGACACGAGCAATAATTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGAt < 1:4024898/100‑1 (MQ=255)aaaTAATTCTTAATACTTTAATGGGACCGACACGAGCAATAATTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGAt < 1:1255344/100‑1 (MQ=255)aaaTAATTCCTAATACTTTAATGGGACCGACACGAGCAATAATTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGAt < 1:1750920/100‑1 (MQ=255) ataatTCTTAATACTTTAATGGGACCGACACGAGCAATAATTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATAc < 1:3329656/100‑1 (MQ=255) aatTCTTAATACTTTAATGGGACCGACACGAGCAATAATTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCg < 1:1187300/100‑1 (MQ=255) aatTCTTAATACTTTAATGGGACCGACACGAGCAATAATTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCg < 1:723791/100‑1 (MQ=255) 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ccGACACGAGCAATAATTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTa < 1:278254/100‑1 (MQ=255) ccGACACGAGCAATAATTTGTCCTGCCCATGGTCGAAACACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTa < 1:3207257/100‑1 (MQ=255) cGACACGAGCAATAATTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTaa < 1:3495390/100‑1 (MQ=255) gACACGAGCAATAATTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTagg < 1:5684867/100‑3 (MQ=255) gAGCAATAATTTGTTCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATGCCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATg < 1:4881740/100‑1 (MQ=255) aataatTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCt < 1:2105304/100‑1 (MQ=255) aataatTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCt < 1:6539841/100‑1 (MQ=255) taatTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAAGCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCtgt < 1:3405371/100‑3 (MQ=255) cttccgatcTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATGCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGt < 1:3819369/92‑1 (MQ=255) ttccgatcTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGACACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTa < 1:5759248/93‑1 (MQ=255) tccgatcttGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTa < 1:547726/92‑1 (MQ=255) atTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGtt < 1:6035077/100‑2 (MQ=255) atTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGtg < 1:5967200/100‑2 (MQ=255) atTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGtc < 1:972562/100‑2 (MQ=255) atTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTa < 1:2019/100‑1 (MQ=255) 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1:1709017/1‑97 (MQ=255) cATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGCATAAACCCGTTTAAGAtcgga > 1:4906589/1‑96 (MQ=255) ttGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCAtt < 1:3906947/100‑1 (MQ=255) cTGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGc < 1:2351245/100‑1 (MQ=255) tGTTAACATGTATGCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCa < 1:5373684/100‑1 (MQ=255) tcttccgatctGCTCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACt < 1:2190437/90‑1 (MQ=255) cttccgatctGCTCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACtg < 1:2481191/91‑2 (MQ=255) cttccgatctGCCCCCTTAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACTa < 1:5433789/91‑1 (MQ=255) 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1:4110535/100‑1 (MQ=255) gCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACTAAAGAACATCa < 1:949069/100‑1 (MQ=255) gCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACTAAAGAACATCa < 1:337390/100‑1 (MQ=255) gCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACTAAAGAACATCa < 1:2622664/100‑1 (MQ=255) gCCCCCATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGCTTAAGATTGCATTGGCACTAAAGAACATCa < 1:2807510/100‑1 (MQ=255) acccccATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACTAAAGAACATCa < 1:5070210/99‑1 (MQ=255) cccccATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACTAAAGAACATCag < 1:2733555/100‑2 (MQ=255) cccccATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACTAAAGAACATCag < 1:1310205/100‑2 (MQ=255) cccccATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACTAAAGAACATCag < 1:301373/100‑2 (MQ=255) ccccATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACTAAAGAACATCAAt < 1:101377/100‑1 (MQ=255) ccATAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACTAAAGAACATCAATGt < 1:3528233/100‑1 (MQ=255) aTAATGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACTAAAGAACATCAATGTTa < 1:3189391/100‑1 (MQ=255) | AAATAATTCTTAATACTTTAATGGGACCGACACGAGCAATAATTTGTCCTGCCCATGGTCGAAATACCATTGCTGTTAACATGTATGCCCCCATAACGATACCGATAACCGTATTCGTTGCGCCTAAATCATGCCCTCGTAAAGGTATAAACACGTTTAAGATTGCATTGGCACTAAAGAACATCAATGTTAAT > NC_007793/2592139‑2592332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |