| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007793 | 2,500,631 | A→G | intergenic (+792/‑696) | SAUSA300_RS12850 → / → SAUSA300_RS12855 | hypothetical protein/transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,500,631 | 0 | A | G | 99.9% | 35162.9 / NA | 13034 | intergenic (+792/‑696) | SAUSA300_RS12850/SAUSA300_RS12855 | hypothetical protein/transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/15); new base G (284/12729); total (284/12750) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 13042 total aligned reads displayed.
GTTAATTCATTGATGTGTGCTGTTTCTTGT‑TGCTTCATTATCTTG‑ATGGTGAATTTCGTTGTCTAATGCACTTTTTCAAATGATTATTCTAATTGTTACAGCAATAACTAGATGGATTTTCTTAGATGTTCACTTTTCTAGATGTTTATACTTATCTTGATGTTTTCTAAACAGAACTTTTAAACGCTTTATTTTTT > NC_007793/2500532‑2500728 | aaTTCATTGATGTGTGCTGTTTCTTGT‑TGCTTCATTATCTTG‑ATGGTGAATTTCGTTGTCTAATGCACTTTTTCAAATGATTATTCTAATTGTTACGGCa < 1:190421/100‑1 (MQ=255) ttCATTGATGTGTGCTGTTTCTTGT‑TGCCTCATTATCTTG‑ATGGTGAATTTCGTTGTCTAATGCACTTTTTCAAATGATTATTCTAATTGTTACGGCAAt < 1:1542576/100‑1 (MQ=255) tCATTGATGTGTGCTGTTTCTTGT‑TGCTTCATTATCTTG‑ATGGTGAATTTCGTTGTCTAATGCACTTTTTCAAATGATTATTCTAATTGTTACGGCAATa < 1:5825899/100‑1 (MQ=255) cATTGATGTGTGCTGTTTCTTGT‑TGCTTCATTATCTTG‑ATGGTGAATTTCGTTGTCTAATGCACTTTTTCAAATGATTATTCTAATTGTTACGGCAATaa > 1:4241693/1‑100 (MQ=255) ttGATGTGTGCTGTTTCTTGT‑TGCTTCATTATCTTG‑ATGGTGAATTTCGTTGTCTAATGCACTTTTTCAAATGATTATTCTAATTGTTACGGCAATAACt < 1:4417803/100‑1 (MQ=255) ttGATGTGTGCTGTTTCTTGT‑TGCTTCATTATCTTG‑ATGGTGAATTTCGTTGTCTAATGCACTTTTTCAAATGATTATTCTAATTGTTACGGCAATAACt < 1:611337/100‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |