Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007793	2,490,079	T→C	N69D (AAT→GAT)	SAUSA300_RS12790 ←	hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	2,490,079	0	T	C	100.0%	52.3 / NA	20	N69D (AAT→GAT)	SAUSA300_RS12790	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/20);  total (0/20)

CTTGGTTATTACTTGATTGGTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATTATCTTTATTATCTTTGTTTACGTCTT  >  NC_007793/2489986‑2490105                                                                                              |                           cTTGGTTGTTACTTGATTGGTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGAAGAATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACtatcatcttt                      <  1:5874650/100‑1 (MQ=255) cTTGGTTATTACTTGATTGGTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACtatcatcttt                      <  1:2879197/100‑1 (MQ=255)  ttGGTTATTACTTGATTGGTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACtatcatctttg                     <  1:5427028/100‑2 (MQ=255)   tGGTTATTACTTGATTGGTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACtatcatctttat                    >  1:205611/1‑100 (MQ=255)    ggTTATTTCTTGATTGGTTATTAAATGTTTGGTTTTGAACATTTTTGGTTGCATTTGAATTTGGTTGTTGATGGTTATCGTTTGCACtatcatctttatt                   <  1:591950/100‑1 (MQ=255)         ttaCTTGATTGGTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACtatcatctttattatctt              <  1:2798294/100‑1 (MQ=255)             ttGATTGGTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttctt          <  1:5357723/100‑1 (MQ=255)             cgatctGGTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCGTTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttctt          <  1:4313130/95‑1 (MQ=255)                  tGGTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatctt     <  1:6561238/100‑6 (MQ=39)                   ggTTTTTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatcttt    <  1:1082271/100‑7 (MQ=38)                   ggTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAGTTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatcttt    <  1:409162/100‑7 (MQ=38)                   ggTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatcttt    <  1:3438525/100‑7 (MQ=38)                   ggTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatcttt    <  1:6287525/100‑7 (MQ=38)                   ggTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatcttt    <  1:2314584/100‑7 (MQ=38)                   ggTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatcttt    <  1:2616429/100‑7 (MQ=38)                   ggTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatcttt    <  1:2971713/100‑7 (MQ=38)                   ggTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatcttt    <  1:4309311/100‑7 (MQ=38)                   ggTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatcttt    <  1:3317584/100‑7 (MQ=38)                   ggTTATTATTTGTTCGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatcttt    <  1:4913765/100‑7 (MQ=38)                   ggTTATTATTTGTTCGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatcttt    <  1:4928519/100‑7 (MQ=38)                   ggTTATTATTTGTTCGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatcttt    <  1:4943902/100‑7 (MQ=38)                   ggTTACTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatcttt    <  1:595381/100‑7 (MQ=38)                   agTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatcttt    <  1:1821361/99‑7 (MQ=38)                     ttattaTTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatctttag  <  1:5039226/100‑9 (MQ=38)                     ttattaTTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatctttag  <  1:4896058/100‑9 (MQ=38)                     ttattaTTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATCATCTTTATTAtctttcttatctttag  <  1:2570196/100‑9 (MQ=38)                                                                                              |                           CTTGGTTATTACTTGATTGGTTATTATTTGTTTGGTTTTGGTCATTGTTTGTTGCATTTGAATTAGATTGTTGCTGGTTATCGTTTGCACTATTATCTTTATTATCTTTGTTTACGTCTT  >  NC_007793/2489986‑2490105

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑