| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,279,071 | G→T | pseudogene (6623/7437 nt) | SAUSA300_RS11625 ← | methicillin resistance protein FmtB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,279,071 | 0 | G | T | 95.5% | 55.7 / NA | 22 | pseudogene (6623/7437 nt) | SAUSA300_RS11625 | methicillin resistance protein FmtB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (2/19); total (2/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTTGAATCATTTACAGATGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTGATCCTGTTGGTGCATTCTCGTTTGTTGCTGTAGTTGTACTATTGTTATTTGTTGTGCTTTCTGCTGGCGTTGCATTATCAGTTTCTGTTACAG > NC_007793/2278985‑2279164 | gttttgAATCATTTACAGATGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGc < 1:2438853/100‑1 (MQ=255)gttttgAATCATTTACAGATGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGc < 1:2773472/100‑1 (MQ=255)gttttgAATCATTTACAGATGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGc < 1:6444152/100‑1 (MQ=255)gttttgAATCATTTACAGATGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGc < 1:3189535/100‑1 (MQ=255)gttttgAATCATTTACAGATGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGc < 1:3517385/100‑1 (MQ=255)gttttgAATCATTTACAGATGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGc < 1:5388191/100‑1 (MQ=255) gAATCATTTACAGATGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGCATtca < 1:2802479/100‑2 (MQ=255) gAATCATTTACAGATGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGCATtca < 1:549990/100‑2 (MQ=255) tCATTTACAGATGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGCATTCTCGt < 1:3465869/100‑1 (MQ=255) aTTTACAGATGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGCATTCTCGttt < 1:4286668/100‑1 (MQ=255) tACAGATGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTGATCCTGTTGGGGCATTCTCGTttgtt < 1:6102764/100‑1 (MQ=255) aCAGATGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGCATTCTCGTttgttg < 1:660287/100‑1 (MQ=255) cAGATGCATTATCTGTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGCATTCTCGTTTGTTGc < 1:4791225/100‑1 (MQ=255) aTGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGCATTCTCGTTTGTTGCTGt < 1:3110860/100‑1 (MQ=255) aTGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGCATTCTCGTTTGTTGCTGt < 1:5644481/100‑1 (MQ=255) tATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGCATTCTCGTTTGTTGCTGTAGTTGt < 1:4286426/100‑1 (MQ=255) atgCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGCATTCTCGTTTGTTGCTGTAGTTGTACTATTGTTATTTGTTGTGCt < 1:854276/100‑1 (MQ=255) atctgtaGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTCGGTGCATTCTCGTTTGTTGCTGTAGTTGTACTATTGTTATTTGTTGTGCTTTCTGCTGGCGtt < 1:6192843/94‑1 (MQ=255) cTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGCATTCTCGTTTGTTGCTGTAGTTGTACTATTGTTATTTGTTGTGCTTTCTGCTGGCGtaa < 1:1192546/100‑3 (MQ=255) tcAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTTATCCTGTTGGTGCATTCTCGTTTGTTGCTGTAGTTGTACTATTGTTATTTGTTGTGCTTTCTGCTGGCGTTGCAt > 1:5621971/2‑100 (MQ=255) ttGCTGTTTATCCTGTTGGTGCATTCTCGTTTGTTGCTGTAGTTGTACTATTGTTATTTGTTGTGCTTTCTGCTGGCGTTGCATTATCAGTTTCTGTTAc < 1:5650941/100‑1 (MQ=255) gCTGTTTATCCTGTTGGTGCATTCTCGTTTGTTGCTGTAGTTGTACTATTGTTATTTGTTGTGCTTTCTGCTGGCGTTGCATTATCAGTTTCTGTTACAg > 1:4865355/1‑100 (MQ=255) | GTTTTGAATCATTTACAGATGCATTATCTTTGCTATCAGCAGATGATGCTGCTTCTGTGCTCGCAGTTGTTGGAGCCGTTGCTGTTGATCCTGTTGGTGCATTCTCGTTTGTTGCTGTAGTTGTACTATTGTTATTTGTTGTGCTTTCTGCTGGCGTTGCATTATCAGTTTCTGTTACAG > NC_007793/2278985‑2279164 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |