| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 429,734 | C→A | A83S (GCA→TCA) | SAUSA300_RS02025 ← | alkyl hydroperoxide reductase subunit C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 429,734 | 0 | C | A | 99.9% | 8410.7 / NA | 2864 | A83S (GCA→TCA) | SAUSA300_RS02025 | alkyl hydroperoxide reductase subunit C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base A (227/2631); minor base G (0/4); total (228/2636) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 3041 total aligned reads displayed.
CTTCATCTAATACATCAAAATTACGAGTGATTGTTTGTGATGGGTCACCAATCATAGTGTAAGTGATTTTGCTAATTGCATCTGAATGGTCATGCCATGCTTTGTGTACGAAGTGAGTATCAGTTGATACTGAGAATACATTTACGCCTAATTTTTGTAATTCTTCATATTGGTTTTGTAAGTCTTCTAATTCAGTTGG > NC_007793/429635‑429833 | cTAATACAGCAAAATTACGAGTGATTGTTTGTGATGGGTCACCAATCATAGTGTAAGTGATTTTGCTAATTGCATCTGAATGGTCATGCCATGATTtggc < 1:6457640/100‑3 (MQ=255) tAATACATCAAAATTACGAGTGATTGTTTGTGATGGGTCACCAATCATAGTGTAAGTGATTTTGCTAATTGCATCTGAATGGTCATGCCATGATTTgtgt < 1:356902/100‑1 (MQ=255) tAATACATCAAAATTACGAGTGATTGTTTGTGATGGGTCACCAATCATAGTGTAAGTGATTTTGCTAATTGCATCTGAATGGTCATGCCATGATTTgtgt < 1:3155715/100‑1 (MQ=255) tAATACATCAAAATTACGAGTGATTGTTTGTGATGGGTCACCAATCATAGTGTAAGTGATTTTGCTAATTGCATCTGAATGGTCATGCCATGATTTgtgt < 1:6279830/100‑1 (MQ=255) tAATACATCAAAATTACGAGTGATTGTTTGTGATGGGTCACCAATCATAGTGTAAGTGATTTTGCTAATTGCATCTGAATGGTCATGCCATGATTTgtgt < 1:1595479/100‑1 (MQ=255) aaTACATCAAAATTACGAGTGATTGTTTGTGATGGGTCACCAATCATAGTGTAAGTGATTTTGCTAATTGCATCTGAATGGTCATGCCATGATTTGTGTa < 1:2997198/100‑1 (MQ=255) 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ctccatgaTTTGTGTACGAAGTGAGTATCAGTTGATACTGAGAATACATTTACGCCTAATTTTTGCAATTCTTCATATTGGTTTTGTAAGTCTTCTAAtt > 1:3963278/3‑100 (MQ=255) gccatgaTTTGTGTACGAAGTGAGTATCAGTTGATACTGAGAATACATTTACGCCTAATTTTTGTAATTCTTCATATTGGTTTTGTAAGTCTTCTAATTc > 1:4582335/1‑100 (MQ=255) gccataaTTTGTGTACGAAGTGAGTATCAGTTGATACTGAGAATACATTTACGCCTAATTTTTGTAATTCTTCATATTGGTTTTGTAAGTCTTCTAATTc > 1:554859/1‑100 (MQ=255) catgaTTTGTGTACGAAGTGAGTATCAGTTGATACTGAGAATACATTTACGCCTAATTTTTGTAATTCTTCATATTGGTTTTGTAAGTCTTCTAATTCAg < 1:4839911/100‑1 (MQ=255) | CTTCATCTAATACATCAAAATTACGAGTGATTGTTTGTGATGGGTCACCAATCATAGTGTAAGTGATTTTGCTAATTGCATCTGAATGGTCATGCCATGCTTTGTGTACGAAGTGAGTATCAGTTGATACTGAGAATACATTTACGCCTAATTTTTGTAATTCTTCATATTGGTTTTGTAAGTCTTCTAATTCAGTTGG > NC_007793/429635‑429833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |