Predicted mutation
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RA	NC_007793	2,125,405	A→G	intergenic (+161/‑43)	SAUSA300_RS10820 → / → SAUSA300_RS10825	hypothetical protein/hypothetical protein

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*	NC_007793	2,125,405	0	A	G	100.0%	124.3 / NA	46	intergenic (+161/‑43)	SAUSA300_RS10820/SAUSA300_RS10825	hypothetical protein/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (46/0);  total (46/0)

CTTAACTTTAAGTCTTATATTTATTACCTACTACCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTGAAGTATTAATTATGCTTATTTAAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAGTTTATAATGAAAATAACTAATTGCAAAATAAAA  >  NC_007793/2125317‑2125474                                                                                         |                                                                      cctAACTTTAAGTCTTATATTTATTACCTACTACCTCCCTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTc                                                            >  1:3071129/3‑100 (MQ=255)   tAACTTTAAGTCTTATATTTATTACCTACTACCTCGCTTTTAAATATATGAGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATTCTTCTTTGAAAAAGACGTCTa                                                          >  1:1448729/1‑100 (MQ=255)   tAACTTTAAGTCTTATATTTATTACCTACTACCTCACTTTTATTTATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTa                                                          >  1:5994168/1‑100 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑