Predicted mutation
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RA	NC_007793	2,125,383	G→A	intergenic (+139/‑65)	SAUSA300_RS10820 → / → SAUSA300_RS10825	hypothetical protein/hypothetical protein

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*	NC_007793	2,125,383	0	G	A	100.0%	136.5 / NA	51	intergenic (+139/‑65)	SAUSA300_RS10820/SAUSA300_RS10825	hypothetical protein/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (51/0);  total (51/0)

AAACATGAAAAAAGCAATCTTAACTTTAAGTCTTATATTTATTACCTACTACCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTGAAGTATTAATTATGCTTATTTAAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAGTTTATAATGAAAATAACTAATTGCAAAATAAAA  >  NC_007793/2125299‑2125474                                                                                     |                                                                                            tgaCATGAAAAAAGCAATCTTAACTTTAAGTCTTATATTTATTACCTACTACCTCGCTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGc                                                                              >  1:3120592/3‑100 (MQ=255) tgaCATGAAAAAAGCAATCTTAACTTTAAGTCTTATATTTATTACCTACTACCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGc                                                                              >  1:5152746/3‑100 (MQ=255) tgaCATGAAAAAAGCAATCTTAACTTTAAGTCTTATATTTATTACCTACTACCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGc                                                                              >  1:2034743/3‑100 (MQ=255)  gaCATGAAAAAAGCAATCTTAACTTTAAGTCTTATATTTATTACCTACTACCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCt                                                                             >  1:1532332/2‑100 (MQ=255)  gaCATGAAAAAAGCAATCTTAACTTTAAGTCTTATATTTATTACCTACTACCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCt                                                                             >  1:6096315/2‑100 (MQ=255)                   cctAACTTTAAGTCTTATATTTATTACCTACTACCTCCCTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTc                                                            >  1:3071129/3‑100 (MQ=255) 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                    tAACTTTAACTCTTATATTTATTACCTACTACCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTa                                                          >  1:4036464/1‑100 (MQ=255)                            aaGTCTTATATTTATTACCTACTACCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTcagc                                                   >  1:3085134/1‑100 (MQ=255)                                   ctatttattACCTACTACCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGttt                                            >  1:4364128/2‑100 (MQ=255)                                           taCCTACTACCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCCTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCGGTGTTAGATCGGaa                                    >  1:64083/1‑100 (MQ=255)                                           taCCTACTACCCCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGag                                    >  1:3554625/1‑99 (MQ=255)                                            aCCTACTACCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGCATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAg                                   >  1:6577831/1‑100 (MQ=255)                                                actacCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAGTTta                               >  1:1982239/1‑100 (MQ=255)                                                actacCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAGTTta                               >  1:3286327/1‑100 (MQ=255)                                                actacCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAGTTta                               >  1:2248652/1‑100 (MQ=255)                                                actacCTCACTTTTAAATATATGGGGATTACAGAATTAAAGTCTTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAgatcg                               >  1:6481462/1‑96 (MQ=255)                                                   acCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAgatcggaa                            >  1:116714/1‑93 (MQ=255)                                                   acCTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAGTTTATaa                            >  1:4726326/1‑100 (MQ=255)                                                    ttgcACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGGATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAGTTTATAAt                           >  1:4777743/4‑100 (MQ=255)                                                    ccTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAGTTTATAAt                           >  1:3902756/1‑100 (MQ=255)                                                     cTCACTTTTAAATATATGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAGTTTATAATg                          >  1:6441944/1‑100 (MQ=255)                                                       cACTTTTAAATATATGTGGATTAACGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAGTTTATAATGaa                        >  1:6171892/1‑100 (MQ=255) 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                                                                  tatGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAGTTTATAATGAAAATAACTAATTg            >  1:1885630/1‑100 (MQ=255)                                                                    ctctgGATTAAAGAATTAAAGTTTTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTACTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAGTTTATAATGAAAATAACTAATTGc           >  1:1724592/4‑100 (MQ=255)                                                                    atGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAGTTTATAATGAAAATAACTAATTGc           >  1:5167518/1‑100 (MQ=255)                                                                    atGTGGATTAAAGAATTAAAGTATTAATTATGCTTATTTGAAAAAGACGTCTATTTCAGCAGTGTTTGAAAGGAAGTTTATAATGAAAATAACTAATTGc           >  1:5923456/1‑100 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑