Predicted mutation
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RA	NC_007793	2,111,231	A→G	G98G (GGT→GGC)	SAUSA300_RS10680 ←	hypothetical protein

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	2,111,231	0	A	G	100.0%	41.0 / NA	23	G98G (GGT→GGC)	SAUSA300_RS10680	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (3/20);  total (3/20)

TCATTTTTTATCTACCTTCTTTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATCGTCTTAACTTTTACTTTATCACCTACTTTTAACCTAGCTTGTATG  >  NC_007793/2111138‑2111255                                                                                              |                         tCATTATTTATCTACCTTCTTTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACt                    <  1:5556355/100‑1 (MQ=11) gctcttccgaTCTTCCTTCTTTGCTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACt                    <  1:2693790/91‑1 (MQ=11)    cttccgaTCTACCTTCTTTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACtttg                 <  1:5391785/94‑2 (MQ=11)         tATCTACCTTCTTTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTGACCt            <  1:5677267/100‑1 (MQ=11)         gaTCTACCTTCTTTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCt            <  1:3742969/99‑1 (MQ=255)         gaTCTACCTCCTTTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCt            <  1:2096375/99‑1 (MQ=11)         gaTCTACCTCCTTTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCt            <  1:2713341/99‑1 (MQ=11)              ccgatcttTACATCGTATAAGACCAGATATAATTTTAAAAAGTGTATTCTATATCCATCTGTCTTAACTTCTTCTTTATCGCCTACTTTTATCCTAGCtt       <  1:279392/96‑1 (MQ=11)              aCCTTCTTTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCTAgatc       >  1:4557537/1‑97 (MQ=11)              aCCTTCTTTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCTAgatc       >  1:941433/1‑97 (MQ=11)               cctcctTTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCTAGCTTg      <  1:6468313/100‑1 (MQ=11)               ccTACTTTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCTAGCTTg      <  1:3183779/100‑1 (MQ=11)                tttcttTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCTAGCTTGt     <  1:3558120/99‑1 (MQ=255)                cttgttTGCTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTGAAAAGTGTATTCTATGTCCAATTGTCTTAACTTCTTCTTTATCGCCTTCTTTTAACCTAGCTTGt     <  1:4337404/100‑1 (MQ=11)                cttcttTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCTAGCTTGt     <  1:3595904/100‑1 (MQ=255)                cttcttTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCTAGCTTGt     <  1:593461/100‑1 (MQ=255)                cttcttTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCTAGCTTGt     <  1:793806/100‑1 (MQ=255)                cttcttTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCTAGCTTGt     <  1:39842/100‑1 (MQ=255)                cttcttTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACGCTTAACCTAGCTTGt     <  1:182955/100‑1 (MQ=11)                 ttcttTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCTAGCTTGTa    <  1:1485188/100‑1 (MQ=255)                  tcttTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCTAGCTTGTag   >  1:1659074/1‑99 (MQ=255)                  tcttTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCTAGCTTGTAt   <  1:1216953/100‑1 (MQ=255)                   gtttACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATTGTCTTAACTTCTACTTTATCGCCTACTTTTAACCTAGCTTggcac  <  1:2038114/99‑5 (MQ=11)                                                                                              |                         TCATTTTTTATCTACCTTCTTTACTTCGTATAAGACCGGATATAAATTTAAAAAGTGTATTCTATATCCAATCGTCTTAACTTTTACTTTATCACCTACTTTTAACCTAGCTTGTATG  >  NC_007793/2111138‑2111255

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑