| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,086,256 | G→A | intergenic (‑45/‑640) | SAUSA300_RS10525 ← / → SAUSA300_RS10530 | hypothetical protein/chemotaxis inhibitory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,086,256 | 0 | G | A | 99.5% | 525.6 / ‑4.3 | 182 | intergenic (‑45/‑640) | SAUSA300_RS10525/SAUSA300_RS10530 | hypothetical protein/chemotaxis inhibitory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (3/178); minor base . (0/1); total (3/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
TTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATT > NC_007793/2086172‑2086351 | tcttccgatctCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTAACT‑AAAAAAAAGTAc < 1:3814334/90‑1 (MQ=255) tccgatcttCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTAACT‑AAAAAAAAGTACat < 1:4844583/93‑1 (MQ=255) tAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTAACT‑AAAAAAAAGTACatgg < 1:2317089/100‑3 (MQ=255) tCCCGCGAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTAACT‑AAAAAAAAGTACATTAattatt > 1:1204660/1‑100 (MQ=255) aGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTAACTAAAAAAAAAGTACATTAATTATTCATTaa > 1:3528900/1‑100 (MQ=255) taGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTAACT‑‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACtatat < 1:5514905/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |