| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 2,085,500 | G→T | intergenic (‑28/‑117) | SAUSA300_RS10515 ← / → SAUSA300_RS10520 | hypothetical protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 2,085,500 | 0 | G | T | 98.8% | 232.7 / ‑5.5 | 81 | intergenic (‑28/‑117) | SAUSA300_RS10515/SAUSA300_RS10520 | hypothetical protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (73/7); minor base C (1/0); total (74/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.35e-01 | |||||||||||
TTGTTGCAATATACGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTGTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGAAGGGTGTGTATTGTTATTTATCTAATTTATAGTCTAATTGTCTATTTCATC > NC_007793/2085409‑2085595 | ttgttgCAATATACGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACtttt > 1:2265457/1‑100 (MQ=255)ttgttgCAATATACGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACtttt > 1:2037601/1‑100 (MQ=255) tgttgCAATATACGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTg > 1:356132/1‑100 (MQ=255) tgttgCAATATACGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTACTACACTTCTGTGTTTTACTTTTg > 1:6265147/1‑100 (MQ=255) tctgCAATACACGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGt > 1:5984574/3‑100 (MQ=255) gttgCAATATACGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGt > 1:958672/1‑100 (MQ=255) 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1:5893240/1‑100 (MQ=255) ctaCGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAatat > 1:5276879/2‑100 (MQ=255) ataCGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAatat > 1:380639/1‑100 (MQ=255) ataCGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAatat > 1:1224673/1‑100 (MQ=255) ataCGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAatat > 1:6193942/1‑100 (MQ=255) ataCGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAatat > 1:3243140/1‑100 (MQ=255) acaCGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAatat > 1:3592736/3‑100 (MQ=255) aCGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTACACTTATTGATTTTATTTACCCATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAatatat > 1:3084902/1‑100 (MQ=255) 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1:5297946/2‑100 (MQ=255) tGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATg > 1:146137/1‑100 (MQ=255) ggTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGa > 1:3505915/1‑100 (MQ=255) ggTTAAACTTATTGACTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGa > 1:1680138/1‑100 (MQ=255) tAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGAAgg > 1:1522690/1‑100 (MQ=255) aaaCTTATTGATTTTATTTATCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTACGAAgcg > 1:4204128/1‑98 (MQ=255) aaaCTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGAAggg > 1:5993534/1‑100 (MQ=255) aaCTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGAAgggc > 1:4011897/1‑99 (MQ=255) 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1:1859248/100‑1 (MQ=255) ccAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGAAGGGTGTGTATTGTTATTTACCTa > 1:4460145/1‑100 (MQ=255) tttttATTTTCTACACTTCTGTGTTTTGCTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGAAGGGTGTGTATTGTTATTTACCTAATTtagg < 1:474212/100‑3 (MQ=255) tCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGAAGGGTGTGTATTGTTATTTACCTAATTTATAGTCTAATTg > 1:624076/1‑100 (MQ=255) acacTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGAAGGGTGTGTATTGTTATTTACCTAATTTATAGTCTAATTGTCt > 1:6040196/1‑100 (MQ=255) acacTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGAAGGGTGTGTATTGTTATTTACCTAATTTATAGTCTAATTGTCt < 1:5328944/100‑1 (MQ=255) acacTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGAAGGGTGTGTATTGTTATTTACCTAATTTATAGTCTAATTGTCt > 1:5078324/1‑100 (MQ=255) tCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGAAGGGTGTGTATTGTTATTTACCTAATTTATAGTCTAATTGTCTATTTc > 1:644462/1‑100 (MQ=255) gtgtttTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGAAGGGTGTGTATTGTTATTTACCTAATTTATAGTCTAATTGTCTATTTCATc > 1:1265840/1‑100 (MQ=255) | TTGTTGCAATATACGGTATGAAGCGAGCAACATATTGGTTAAACTTATTGATTTTATTTACCAATATTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTGTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGAAGGGTGTGTATTGTTATTTATCTAATTTATAGTCTAATTGTCTATTTCATC > NC_007793/2085409‑2085595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |