| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,969,545 | C→A | A138E (GCA→GAA) | SAUSA300_RS09785 → | cell‑cycle regulation protein HIT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,969,545 | 0 | C | A | 99.3% | 385.1 / NA | 140 | A138E (GCA→GAA) | SAUSA300_RS09785 | cell‑cycle regulation protein HIT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (130/9); minor base G (1/0); total (131/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
GAAAATGATATTGATGGATTTGGTTATAAGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGCACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAATTGCGTTTGAAGTGATAACATCAAGGTTAGCA > NC_007793/1969451‑1969640 | aTGATATTGATGGATTTGGTTATAAGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTa > 1:4674623/1‑100 (MQ=255) aTGATATTGATGGATTTGGTTATAAGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTa > 1:3997711/1‑100 (MQ=255) gATATTGATGGATTTGGTTATAAGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTaaa > 1:1073727/1‑100 (MQ=255) atGATGGATTTGGTTATAAGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTa > 1:2857376/2‑100 (MQ=255) tGATGGATTTGGTTATAAGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTAt > 1:6619968/1‑100 (MQ=255) tGATGGATTTGGTTATAAGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTAt > 1:2617373/1‑100 (MQ=255) 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1:1613399/1‑100 (MQ=255) tGGTTATAAGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCt > 1:1764425/1‑100 (MQ=255) tGGTTATAAGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATATATGCTTAATCt > 1:1928801/1‑100 (MQ=255) ggTTATAAGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAACTTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTa > 1:2166397/1‑100 (MQ=255) ggTTATAAGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTa > 1:230487/1‑100 (MQ=255) ggTTATAAGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTa > 1:6203570/1‑100 (MQ=255) tataAGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGc > 1:4436480/1‑100 (MQ=255) ataCGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCt > 1:1723792/1‑100 (MQ=255) 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1:3756652/1‑100 (MQ=255) gTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACGACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGaa > 1:6603088/1‑100 (MQ=255) gTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGaa > 1:2753970/1‑100 (MQ=255) gTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGaa > 1:5095365/1‑100 (MQ=255) ctGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTACGCTTAATCTAAGCTCGaa > 1:560146/2‑100 (MQ=255) tGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAAc > 1:2622014/1‑100 (MQ=255) tGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAAc > 1:2776809/1‑100 (MQ=255) gcggcgacacATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAAc > 1:507225/7‑100 (MQ=255) 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1:3300461/2‑100 (MQ=255) taaCACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGt > 1:439209/2‑100 (MQ=255) cgacacATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGt > 1:1013449/3‑100 (MQ=255) caaCACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGCATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGt > 1:1632698/2‑100 (MQ=255) aaaCACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGt < 1:760434/100‑1 (MQ=255) aaaCACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGt > 1:3331653/1‑100 (MQ=255) aaaCACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGt < 1:5463337/100‑1 (MQ=255) aaaCACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGt < 1:1134972/100‑1 (MQ=255) 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1:3091843/1‑100 (MQ=255) aaCACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGta > 1:2555913/1‑100 (MQ=255) aaCACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGta > 1:2943490/1‑100 (MQ=255) aaCACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGta > 1:6184029/1‑100 (MQ=255) aaCACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGta > 1:6237052/1‑100 (MQ=255) aaCACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGta > 1:4327161/1‑100 (MQ=255) aaCACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGta > 1:1537979/1‑100 (MQ=255) aaCACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGCta > 1:4228244/1‑100 (MQ=255) acacATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGtat > 1:3834762/1‑100 (MQ=255) acacATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGtat > 1:1401368/1‑100 (MQ=255) acacATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGtat > 1:3387884/1‑100 (MQ=255) acacATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGtat > 1:469693/1‑100 (MQ=255) cacaTGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGtata < 1:6000752/100‑1 (MQ=255) tcaTGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTataa > 1:652154/2‑100 (MQ=255) acaTGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTataa > 1:2983512/1‑100 (MQ=255) caaGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTACGCTCGAACGGGTATAATATg > 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ctgATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACaa > 1:6017837/3‑100 (MQ=255) aCGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACaa > 1:1441875/1‑100 (MQ=255) cGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAAt > 1:2406851/1‑100 (MQ=255) cGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAAt > 1:1496633/1‑100 (MQ=255) gATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCCAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAAtt > 1:5047016/1‑100 (MQ=255) caTGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAAtt > 1:2015143/2‑100 (MQ=255) aTGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTACTATTATAACAATTg > 1:4954345/1‑100 (MQ=255) aTGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAATTg > 1:2511364/1‑100 (MQ=255) gCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAATTGCg > 1:6360184/1‑100 (MQ=255) gCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAATTGCg > 1:3901136/1‑100 (MQ=255) tGCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAATTGCGTTTGAAGTGATAAc > 1:6330659/1‑100 (MQ=255) gCTGAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAATTGCGTTTGAAGTGATAACa > 1:5425550/1‑100 (MQ=255) gAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAATTGCGTTTGAAGTGATAACATCa > 1:3441544/1‑100 (MQ=255) gAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAATTGCGTTTGAAGTGATAACATCa > 1:1083071/1‑100 (MQ=255) gAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAATTGCGTTTGAAGTGATAACATCa > 1:6609192/1‑100 (MQ=255) gAACAAATTCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAATTGCGTTTGAAGTGATAACATCa > 1:5732281/1‑100 (MQ=255) tCAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAATTGCGTTTGAAGTGATAACATCAAGGTTAGc > 1:859378/1‑100 (MQ=255) ccAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTCAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAATTGCGTTTGAAGTGATAACATCAAGGTTAGc > 1:4128225/2‑100 (MQ=255) ccAAGAACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAATTGCGTTTGAAGTGATAACATCAAGGTTAGc > 1:1209908/2‑100 (MQ=255) | GAAAATGATATTGATGGATTTGGTTATAAGTGGGAAACACATGAAGACATTTTAGATAACGATGCAAAACAACAAATTGCTGAACAAATTCAAGCACAATTTTAAATGTATGCTTAATCTAAGCTCGAACGGGTATAATATGATTAATATTATAACAATTGCGTTTGAAGTGATAACATCAAGGTTAGCA > NC_007793/1969451‑1969640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |