| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,914,404 | G→A | P223L (CCA→CTA) | SAUSA300_RS09465 ← | S‑adenosylmethionine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,914,404 | 0 | G | A | 98.4% | 177.8 / ‑5.3 | 63 | P223L (CCA→CTA) | SAUSA300_RS09465 | S‑adenosylmethionine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (2/60); total (2/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
GTTAATCCTGCATCACCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTGGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCATGTTGTGTTGATACGACAATCGTATCAATAC > NC_007793/1914305‑1914494 | gTTAATCCTGCATCACCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTg < 1:2398125/100‑1 (MQ=255) aTCCTGCATCACCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATa < 1:6564244/100‑1 (MQ=255) aTCCTGAATCCCCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATa < 1:2564977/100‑1 (MQ=255) cACCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACAtg < 1:3911971/100‑1 (MQ=255) cACCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACAtg < 1:6544400/100‑1 (MQ=255) aCCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACAtgg < 1:1605195/100‑2 (MQ=255) aCCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACAtgc < 1:4287532/100‑2 (MQ=255) aCCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACAtgc < 1:2606221/100‑2 (MQ=255) ccTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACAtgta < 1:4658932/100‑2 (MQ=255) ccTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACAtgta < 1:4876427/100‑2 (MQ=255) ttGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCt < 1:2782288/100‑1 (MQ=255) ccgatctCCACCGACTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCt < 1:4797472/94‑1 (MQ=255) tGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGcag < 1:5897755/100‑3 (MQ=255) tGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCtt < 1:406306/100‑1 (MQ=255) gtgctcttccGATCTCAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTTTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCttt < 1:1478521/92‑1 (MQ=255) gAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCttt < 1:4859260/100‑1 (MQ=255) cgatctactgATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTGGATAAATGACATGTGCTTTa < 1:3197056/91‑1 (MQ=255) aGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTa < 1:2594081/100‑1 (MQ=255) aGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTa < 1:3020239/100‑1 (MQ=255) aGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTa < 1:2224154/100‑1 (MQ=255) tCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATg < 1:5022078/100‑1 (MQ=255) aCCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGtct < 1:747423/100‑1 (MQ=255) gATTACAAAGCGTCCTGTAGGTTTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATggggttg < 1:1138272/100‑7 (MQ=255) gatctgCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAAGCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGag < 1:6106747/95‑2 (MQ=255) aaGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAAtta < 1:1512260/100‑2 (MQ=255) gTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTc < 1:3783887/100‑1 (MQ=255) gTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAgtg > 1:1772492/1‑100 (MQ=255) gATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcac < 1:6216598/100‑1 (MQ=255) gATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcac < 1:5984155/100‑1 (MQ=255) gATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcac < 1:1252326/100‑1 (MQ=255) gATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcac < 1:1008067/100‑1 (MQ=255) gATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGCGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcac < 1:1573867/100‑1 (MQ=255) gATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGCTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcac < 1:3235320/100‑1 (MQ=255) gATTGATGTAGAATTTAGTTCGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcac < 1:910764/100‑1 (MQ=255) gATTGATGCAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcac < 1:5715513/100‑1 (MQ=255) aTTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcaca < 1:695122/100‑1 (MQ=255) aTTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTcaca < 1:1230418/100‑1 (MQ=255) ttGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCCTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACAt < 1:3783446/100‑1 (MQ=255) aTGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCt < 1:3985696/100‑1 (MQ=255) aGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGc < 1:6453546/100‑1 (MQ=255) aaTTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCGCATCCTCAGCAt < 1:1091752/100‑1 (MQ=255) aaTTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCag < 1:2840153/100‑2 (MQ=255) aaTTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAt < 1:3149823/100‑1 (MQ=255) aTTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtg < 1:6199696/100‑1 (MQ=255) tttAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCCtgt < 1:5203486/100‑1 (MQ=255) ttAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgtt < 1:1749677/100‑1 (MQ=255) ttAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgtt < 1:5051550/100‑1 (MQ=255) ttAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgtt < 1:6329468/100‑1 (MQ=255) tAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTTCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAACAtgttg < 1:1134010/100‑1 (MQ=255) tAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttc < 1:1377967/100‑2 (MQ=255) tAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgtta < 1:607105/100‑2 (MQ=255) tAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGGGAGATAAATGACATGTGCTTGAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttg < 1:4991443/100‑1 (MQ=255) tAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCT‑GAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgt < 1:312507/100‑1 (MQ=255) gTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttggg < 1:3768493/100‑3 (MQ=255) gTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgat < 1:3989252/100‑3 (MQ=255) tttGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgtgt < 1:983359/100‑1 (MQ=255) tttGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACAGGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgtgc < 1:3389544/100‑2 (MQ=255) ttGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgtgtt < 1:6543685/100‑1 (MQ=255) ttGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgtgtt < 1:752674/100‑1 (MQ=255) ttGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgtgtt < 1:4149273/100‑1 (MQ=255) gTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCAtgttgtgttag < 1:2478109/100‑3 (MQ=255) ttCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCATGTTGTGTTGAt < 1:3149945/100‑1 (MQ=255) aTTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCATGTTGTGTTGATACg < 1:5013246/100‑1 (MQ=255) ggAACAGTTAGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCATGTTGTGTTGATACGACAATCGTATCAATAc > 1:3881660/1‑100 (MQ=255) | GTTAATCCTGCATCACCTTGAGGTCCACCGATTACAAAGCGTCCTGTAGGATTGATGTAGAATTTAGTTTGTTCATTAATCAAGTTTTCTGGAACAGTTGGATAAATGACATGTGCTTTAATGTCTTCTTGAATTTGTTCAAGTGTCACATCCTCAGCATGTTGTGTTGATACGACAATCGTATCAATAC > NC_007793/1914305‑1914494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |