| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,913,997 | C→T | D359N (GAT→AAT) | SAUSA300_RS09465 ← | S‑adenosylmethionine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,913,997 | 0 | C | T | 99.9% | 2037.1 / NA | 718 | D359N (GAT→AAT) | SAUSA300_RS09465 | S‑adenosylmethionine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (4/713); total (4/714) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 718 total aligned reads displayed.
TTCCACTTTGTCTAATTTTTCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATCAAGCATTTTAATAATACCTGCAGGTCTTAGGTCAAAGTGTTTTCTAACTGCTTCGACAAGTTGCCCTTCAGAAACTTTACCTGTTCCAAATGTATC > NC_007793/1913902‑1914093 | ttcCACTTTGTCTAATTTTTCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGc < 1:1319850/100‑1 (MQ=255) ccACTTTGTCTAATTTTTCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCAt < 1:3459061/100‑1 (MQ=255) ccACTTTGTCTAATTTTTCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCAt < 1:6400906/100‑1 (MQ=255) cACTTTGTCTAATTTTTCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCAtg < 1:791686/100‑2 (MQ=255) tttGTCTAATTTTTCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCATTTta < 1:3165791/100‑1 (MQ=255) attGTCTAATTTTTCCCATGGGAATAAGACATCTGTACGTCCAAAATGACCATAAGCAGCAGTTTGTTTGTAAATCGGTTGTTTCAAATTAAGCATTTta > 1:433126/2‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |