Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007793	1,700,259	G→A	S58L (TCA→TTA)	SAUSA300_RS08435 ←	competence protein ComEC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	1,700,259	0	G	A	100.0%	124.9 / NA	44	S58L (TCA→TTA)	SAUSA300_RS08435	competence protein ComEC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (6/38);  total (6/38)

ACCTTGACGTTGAATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTGAATAATGTAAATACCATGCGGAGAAAATGATTAAAAAGAGAGAAATAGGGGCATA  >  NC_007793/1700168‑1700314                                                                                            |                                                        gatcttgcGTTGAATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGt                                                 <  1:6325627/93‑1 (MQ=255) aCCTTGACGTTGAATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGt                                                 >  1:5701386/1‑100 (MQ=255) aCCTTGACGTTGAATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGt                                                 >  1:3902395/1‑100 (MQ=255)    acgACGTTGAATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTaaa                                              >  1:5560354/3‑100 (MQ=255)     tGACGTTGGATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAAt                                             >  1:1030248/1‑100 (MQ=255)     tGACGTTGAATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAAt                                             <  1:4911970/100‑1 (MQ=255)     tGACGTTGAATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAAt                                             >  1:5945191/1‑100 (MQ=255)        cGTTGAATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATAcc                                          <  1:3039987/100‑1 (MQ=255)        cGTTGAATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATAcc                                          <  1:3880413/100‑1 (MQ=255)        cGTTGAATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATAcc                                          <  1:6561224/100‑1 (MQ=255)          ttGAATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCGTGTTGTAAATAATGTAAATACCag                                        <  1:4531842/100‑2 (MQ=255)            gAATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATgg                                      <  1:4693179/100‑2 (MQ=255)            gAATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATAGTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGc                                      <  1:3673637/100‑1 (MQ=255)              aTTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCgg                                    <  1:1604787/100‑1 (MQ=255)              aTTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCgg                                    <  1:5630054/100‑1 (MQ=255)              aTTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCgg                                    <  1:79092/100‑1 (MQ=255)              aTTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCgg                                    <  1:5444096/100‑1 (MQ=255)              aTTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCgg                                    <  1:491975/100‑1 (MQ=255)              aTTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCgg                                    <  1:5822317/100‑1 (MQ=255)              aTTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCgg                                    <  1:4113297/100‑1 (MQ=255)              aTTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCgg                                    <  1:5832765/100‑1 (MQ=255)              aTTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCgg                                    <  1:39453/100‑1 (MQ=255)              aTTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCgg                                    <  1:6147966/100‑1 (MQ=255)              aTTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCgg                                    <  1:2800553/100‑1 (MQ=255)              aTTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCgg                                    <  1:1687887/100‑1 (MQ=255)              aTTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCgg                                    <  1:148102/100‑1 (MQ=255)              aTTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTATAAATAATGTAAATACCATGCgg                                    <  1:2313015/100‑1 (MQ=255)              aTTTGAATTACTTGAGCACGCACATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATGCCATGCgg                                    <  1:4766565/100‑1 (MQ=255)               tttGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCggg                                   <  1:5766028/100‑2 (MQ=255)               cttGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCGga                                   >  1:4676526/2‑100 (MQ=255)                  ggATTACATGAGCACGCACATTAAACTGAGAATTTCGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCGgagag                                <  1:2353927/100‑2 (MQ=255)                               aCGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCGGAGAAAATGATTAAAAag                   <  1:1009790/100‑1 (MQ=255)                                 gCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCGGAGAAAATGATTAAAAagag                 <  1:1259233/100‑1 (MQ=255)                                             gagaATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAGTAATGTAAATACCATGCGGAGAAAATGATTAAAAGGAGAGAAATAGGGGc     <  1:2344285/100‑1 (MQ=255)                                             gagaATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATTCCATGCGGAGAAAATGATTAAAAAGAGAGAAATAGGGGc     <  1:4328173/100‑1 (MQ=255)                                             gagaATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATTCCATGCGGAGAAAATGATTAAAAAGAGAGAAATAGGGGc     <  1:1208776/100‑1 (MQ=255)                                             gagaATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCGGAGAAAATGATTAAAAAGAGAGAAATAGGGGc     <  1:4504844/100‑1 (MQ=255)                                             gagaATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCGGAGAAAATGATTAAAAAGAGAGAAATAGGGGc     <  1:3897533/100‑1 (MQ=255)                                             gagaATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCGGAGAAAATGATTAAAAAGAGAGAAATAGGGGc     <  1:3311650/100‑1 (MQ=255)                                             gagaATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCGGAGAAAATGATTAAAAAGAGAGAAATAGGGGc     <  1:205405/100‑1 (MQ=255)                                             gagaATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCGGAGAAAATGATTAAAAAGAGAGAAATAGGGGc     <  1:807686/100‑1 (MQ=255)                                              agaATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCGGAGAAAATGATTAAAAAGAGAGAAATAGGGGCa    <  1:4769334/100‑1 (MQ=255)                                               gaATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATACCATGCGGAGAAAATGATTAAAAAGAGAGAAATAGGGGCaa   <  1:4032927/100‑2 (MQ=255)                                                aaTTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTAAATAATGTAAATGCCATGCGGAGAAAATGATTAAAAAGAGAGAAATAGGGGCaga  <  1:1217660/100‑3 (MQ=255)                                                                                            |                                                        ACCTTGACGTTGAATTTGGATTACTTGAGCACGCTCATTAAACTGAGAATTACGTTCAATATAATTGATATAATTAAATATTGCTTGTTGTGAATAATGTAAATACCATGCGGAGAAAATGATTAAAAAGAGAGAAATAGGGGCATA  >  NC_007793/1700168‑1700314

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑