Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007793	1,590,311	A→G	F99F (TTT→TTC)	SAUSA300_RS07850 ←	hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	1,590,311	0	A	G	100.0%	60.9 / NA	24	F99F (TTT→TTC)	SAUSA300_RS07850	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (8/16);  total (8/16)

ACAACTTGTCTCTTTTGTCTAATAAGCTTATACAATCCAATTTCATAAACTTTCTGGTTATATTAATTAACCAGATAATAAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAACACTGTTAAAACAAAAATAAATAGAAACAAAATATTTGCTTTTAGACCTGTAAGCAACTGA  >  NC_007793/1590232‑1590401                                                                                |                                                                                           acaacTTGTCTCTTTTGTCTAATAAGCTTATACAATCCAAATTCATAAACTTTCTTGTTTCATTAATTAACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGAtt                                                                        <  1:3670082/100‑1 (MQ=255)    acTTGTCTCTTTTGTCTAATAAGCTTATACAATCCAAATTCATAAACTTTCTTGTTTCATTAATTAACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTaaa                                                                     >  1:4597020/1‑100 (MQ=255)           tctTTTGTCTAATAAGCTTATACAATCCAAATTCATAAACTTTCTTGTTTCATTAATTAACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACaagc                                                              <  1:2585690/100‑3 (MQ=255)            ctTTTGTCTAATAAGCTTATACAATCCAAATTCATAAACTTTCTTGTTTCATTAATTAACCAGATAATGGATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAgca                                                             >  1:5106136/1‑100 (MQ=255)                  tCTAATAAGCTTATACAATCCAAATTCATAAACTTTCTTGTTTCATTAATTAACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTa                                                       <  1:5150138/100‑1 (MQ=255)                  tCTAATAAGCTTATACAATCCAAATTCATAAACTTTCTTGTTTCATTAATTAACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTa                                                       <  1:2840696/100‑1 (MQ=255)                    taataaGCTTATACAATCCAAATTCATAAACTTTCTTGTTTCATTAATTAACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTaaa                                                     <  1:2341228/100‑1 (MQ=255)                     aataaGCTTATACAATCCAAATTCATAAACTTTCTTGTTTCATTAATTAACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTaaaa                                                    >  1:7581/1‑100 (MQ=255)                              ataCAATCCAAATTCATAAACTTTCTTGTTTCATTAATTAACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAaaataa                                           >  1:1553138/1‑100 (MQ=255)                                     ccAAATTCATAAACTTTCTTGTTTCATTAATTAACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAAAATAATTAGagg                                    <  1:6264852/100‑3 (MQ=255)                                        aattCATAAACTTTTTTGTTTCATTAATTAACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAAAATAATTAGAAAcca                                 <  1:4927965/98‑3 (MQ=255)                                        aattCATAAACTTTCTTGTTTCATTAATTAACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAAAATAATTAGAAAcca                                 <  1:2649252/98‑3 (MQ=255)                                               aaaCTTTCTTGTTTCATTAATTAACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAAAATAATTAGAAACCAAATAttt                          >  1:753239/1‑100 (MQ=255)                                                     tcttgtttcattaattaACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAAAATAATTAGAAACCAAATATTTGCtttt                    <  1:5105186/91‑1 (MQ=255)                                                              attaattaACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAAAATAATTAGAAACCAAATATTTGCTTTTAGACCTGTa           <  1:4150845/100‑1 (MQ=255)                                                              attaattaACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAAAATAATTAGAAACCAAATATTTGCTTTTAGACCTGTa           <  1:4260246/100‑1 (MQ=255)                                                              attaattaACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAAAATAATTAGAAACCAAATATTTGCTTTTAGACCTGTa           <  1:4519428/100‑1 (MQ=255)                                                              attaattaACCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAAAATAATTAGAAACCAAATATTTGCTTTTAGACCTGTa           <  1:6058264/100‑1 (MQ=255)                                                               ttaattaaCCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAAAATAATTAGAAACCAAATATTTGCTTTTAGACCTGTaa          <  1:5713920/100‑1 (MQ=255)                                                                 aattaaCCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAAAATAATTAGAAACCAAATATTTGCTTTTAGACCTGTAAGc        <  1:2978896/100‑1 (MQ=255)                                                                 aattaaCCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTGAAAACAAAAATAATTAGAACCCAAATATTTGCTTTTAGACCTGCAAGc        <  1:6075693/100‑1 (MQ=255)                                                                   ataaCCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAAAATAATTAGAAACCAAATATTTGCTTTTAGACCTGTAAGCaa      >  1:3887011/2‑100 (MQ=255)                                                                     aaCCAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAAAATAATTAGAAACCAAATATTTGCTTTTAGACCTGTAAGCAACt    >  1:550760/1‑100 (MQ=255)                                                                       ccAGATAATGAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAGCACTGTTAAAACAAAAATAATTAGAAACCAAATATTTGCTTTTAGACCTGTAAGCAACTGa  >  1:5252323/1‑100 (MQ=255)                                                                                |                                                                                           ACAACTTGTCTCTTTTGTCTAATAAGCTTATACAATCCAATTTCATAAACTTTCTGGTTATATTAATTAACCAGATAATAAATTTAACAATTAAAGGATTAAATACAAACACTGTTAAAACAAAAATAAATAGAAACAAAATATTTGCTTTTAGACCTGTAAGCAACTGA  >  NC_007793/1590232‑1590401

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑