| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,580,695 | G→A | I35I (ATC→ATT) | SAUSA300_RS07750 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,580,695 | 0 | G | A | 95.8% | 60.0 / ‑4.2 | 24 | I35I (ATC→ATT) | SAUSA300_RS07750 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (1/22); minor base T (0/1); total (1/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
TCATGACCATTCTTTAACGGTGCTCTAGACAAGTATTTGATTGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGATACTGTGCCGTAACTTGTTCGATGAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGCGCAGGTTGTTTAACATTGTCTTGTGTTTCATTCATATCTACTTTTCTGTTACTGATT > NC_007793/1580600‑1580791 | tCATGACCATTCTTTAACGGTGCTCTAGACAAGTATTTAATTGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGGTACTGTGCCGTAACTTGTTCAAtaa > 1:6005339/1‑98 (MQ=255) tAACGGTGCTCTAGACAAGTATTTAATTGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGGTACTGTGCCGTAACTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCa < 1:3991288/100‑1 (MQ=255) gACAAGTATTTAATTGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGGTACTGTGCCGTAACTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTAtg < 1:25278/100‑1 (MQ=255) ctaggTATTTAATTGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGGTACTGTGCCGTAACTTGTTCAATAAAAACTATAATTTCAATGTCGCCGTAtgt < 1:4392507/96‑1 (MQ=255) cAAGTATTTAATTGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGGTACTGTGCCGTAACTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTAtgcg < 1:1512488/100‑3 (MQ=255) aaGTATTTAATTGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGGTACTGTGCCGTAACTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATgtgt < 1:1544237/100‑1 (MQ=255) aaGTATTTAATTGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGGTACTGTGCCGTAACTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATgtgt < 1:2870058/100‑1 (MQ=255) aGTATTTAATTGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGGTACTGTGCCGTAACTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTa < 1:4371998/100‑1 (MQ=255) aGTAATTAATTGCATTGCCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGGTCCTGTGCCGTAAATTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTa < 1:195713/100‑1 (MQ=255) gTATTTAATTGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGGTACTGTGCCGTAACTTGTTCAATAAGATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTat < 1:1519736/100‑2 (MQ=255) tttAATTGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGGTACTGTGCCGTAACTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATga < 1:32965/100‑2 (MQ=255) ttGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGGTACTGTGCCGTAACTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGTGCTgg < 1:2799314/100‑1 (MQ=255) ttGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGGTACTGTGCCGTAACTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGTGCTgg < 1:3671227/100‑1 (MQ=255) tGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGGTACTGTGCCGTAACTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGTGCTGgt < 1:4267203/100‑1 (MQ=255) tggtggGTACTGTGCCGTAACTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGTGCTGGTTGCTTAACATTGTCTTGCATttcattc < 1:2660787/100‑1 (MQ=255) gtgCCGTAACTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGTGCTGGTTGCTTAACATTGTCTTGCATTTCATTCATATCTACttt < 1:3126374/100‑1 (MQ=255) ccGTAACTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGTGCTGGTTGCTTAACATTGTCTTGCATTTCATTCATATCTACTTTTCt < 1:2078570/100‑1 (MQ=255) tAACTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGTGCTGGTTGCTTAACATTGTCTTGCATTTCATTCATATCTACTTTTCTGtt < 1:2834991/100‑1 (MQ=255) aCTTGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGTGCTGGTTGCTTAACATTGTCTTGCATTTCATTCATATCTACTTTTCTGTTAc < 1:6065232/100‑1 (MQ=255) ttGTTCTATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGCGCCGGTTGCTTAACATTGTCTTGCGTTTTGTTCATATCTACTTTTCTGTTACTg < 1:2541841/100‑1 (MQ=255) ttGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGTGCTGGTTGCTTAACATTGTCTTGCATTTCATTCATATCTACTTTTCTGTTACTg < 1:5751879/100‑1 (MQ=255) ttGTTCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGTGCTGGTTGCTTAACATTGTCTTGCATTTCATTCATATCTACTTTTCTGTTACTg < 1:6548683/100‑1 (MQ=255) ttCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGTGCTGGTTGCTTAACATTGTCTTGCATTTCATTCATATCTACTTTTCTGTTACTGAtt < 1:1804458/100‑1 (MQ=255) ttCAATAAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGCGCCGGTTGCTTAACATTGTCTTGCGTTTTGTTCATATCTACTTTTCTGTTACTGAtt < 1:709153/100‑1 (MQ=255) | TCATGACCATTCTTTAACGGTGCTCTAGACAAGTATTTGATTGCATTACCTATTGCGAATGCTAATTGTGGTGGATACTGTGCCGTAACTTGTTCGATGAAATCTATAATTTCAATGTCGCCGTATGTGTAATGCGCAGGTTGTTTAACATTGTCTTGTGTTTCATTCATATCTACTTTTCTGTTACTGATT > NC_007793/1580600‑1580791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |