| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,277,641 | T→A | T420T (ACT→ACA) | SAUSA300_RS06290 → | translation initiation factor IF‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,277,641 | 0 | T | A | 99.3% | 395.0 / ‑5.7 | 143 | T420T (ACT→ACA) | SAUSA300_RS06290 | translation initiation factor IF‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (138/4); minor base G (1/0); total (139/4) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
AGCTGAATTAGATAAATCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTG > NC_007793/1277548‑1277737 | cTGAATTAGATAAATCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGcca < 1:3508105/100‑2 (MQ=255) gAATTAGATAAATCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTa > 1:289599/1‑100 (MQ=255) gAATTAGATAAATCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTa > 1:3293336/1‑100 (MQ=255) gAATTAGATAAATCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTa > 1:4206164/1‑100 (MQ=255) aGATAAATCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGt > 1:1496015/1‑100 (MQ=255) cACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGt > 1:2214434/1‑100 (MQ=255) cGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTa > 1:6208160/1‑100 (MQ=255) ttGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTaa > 1:5896160/2‑100 (MQ=255) ttGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTaa > 1:2145235/2‑100 (MQ=255) atGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTaa > 1:3758303/2‑100 (MQ=255) ggTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATg > 1:2053710/1‑100 (MQ=255) ggTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATg > 1:1962749/1‑100 (MQ=255) ggTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCATGCAATGGTTAATg > 1:4892275/1‑100 (MQ=255) ggTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGCACATTACATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATg > 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tggTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCaa > 1:779986/3‑100 (MQ=255) taGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCaa > 1:1572367/1‑100 (MQ=255) taGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCaa > 1:1398807/1‑100 (MQ=255) taGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCaa > 1:6314375/1‑100 (MQ=255) taGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCaa > 1:90391/1‑100 (MQ=255) taGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCaa > 1:6416963/1‑100 (MQ=255) taGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGCTAATGACTTAGGTCAAAGAATCaa > 1:1765649/1‑100 (MQ=255) ggTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCaaa > 1:540635/2‑100 (MQ=255) aGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGAAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGCGTAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGACTCaaa > 1:6513221/1‑100 (MQ=255) ggccAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCaaaa > 1:4507903/4‑100 (MQ=255) gcAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACg > 1:3583767/2‑100 (MQ=255) aaaaCGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGc > 1:189711/1‑100 (MQ=255) gcagTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGAAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGcgag > 1:5466593/4‑97 (MQ=255) aCGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTgg > 1:559007/1‑100 (MQ=255) tggTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGt > 1:4024948/2‑100 (MQ=255) gggTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGt > 1:3814326/2‑100 (MQ=255) ggTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTc > 1:4314353/1‑100 (MQ=255) ggTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTc > 1:1825989/1‑100 (MQ=255) ggTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTc > 1:614400/1‑100 (MQ=255) ggTACATTAAATGATGGAGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATAAGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTc > 1:1131546/1‑100 (MQ=255) agTACATTACATGTTGGTGATGCGATTGAAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTc > 1:3613413/2‑100 (MQ=255) gTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTcc > 1:5385815/1‑100 (MQ=255) ctACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTcc > 1:4629198/2‑100 (MQ=255) ttAAATGTTGGAGATGCGATTGTAGCTGGTAATACATACGGCCGTATACGTGCAATGGTTAATGACTTAGGATAAAGAATCAAAACGGATGGTACATCaa > 1:3081695/1‑100 (MQ=255) tAAATGTTGGTGATGCGATTGTCGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAAc > 1:793000/1‑100 (MQ=255) aTGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACCTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGcc > 1:147272/1‑100 (MQ=255) actGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTg > 1:883021/3‑100 (MQ=255) ttGGTGATGCGATTGTAGTTGGGAATACATACGGCCGTATCCGTGCATTGGTTAATGACTTAGGTCAATGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAAAGTCTGt > 1:568670/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGCCTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:2705428/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:3934696/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:947276/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:2158208/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:1274416/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACAGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:4626384/1‑100 (MQ=255) tGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGGCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGtt > 1:4792741/1‑100 (MQ=255) ggTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTg > 1:3979129/1‑100 (MQ=255) ggTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTg > 1:808178/1‑100 (MQ=255) ggTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTg > 1:6489215/1‑100 (MQ=255) cctGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTg > 1:3467295/3‑100 (MQ=255) gTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGa > 1:5662930/1‑100 (MQ=255) gTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGa > 1:271843/1‑100 (MQ=255) gTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGa > 1:3346665/1‑100 (MQ=255) gTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGa > 1:258446/1‑100 (MQ=255) tGATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGaa > 1:4398514/1‑100 (MQ=255) gATGCGATTGTAGTTGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGaaa > 1:376079/1‑100 (MQ=255) 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1:50493/1‑100 (MQ=255) ttGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTaa > 1:5952792/1‑100 (MQ=255) tGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAat > 1:1225945/1‑100 (MQ=255) tGGTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAat > 1:85880/1‑100 (MQ=255) ggTAATACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatg > 1:4530265/1‑100 (MQ=255) agTAATACATACGGCCGTATCCGTGCACTGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatg > 1:3181535/2‑100 (MQ=255) tgctACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatgat > 1:1094594/4‑100 (MQ=255) aaTACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatgatg > 1:2137050/1‑100 (MQ=255) aaTACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatgatg > 1:3017678/1‑100 (MQ=255) aaTACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatgatg > 1:1178196/1‑100 (MQ=255) tACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAATCGGCTGGTCCATCAACGCTTGTTGAAATTACAGGTATTAATGAtgtt < 1:6166866/100‑2 (MQ=255) tACATACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGAtgtg > 1:344329/1‑100 (MQ=255) | AGCTGAATTAGATAAATCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTG > NC_007793/1277548‑1277737 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |