Predicted mutation
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RA	NC_007793	1,203,842	T→C	intergenic (+118/‑319)	SAUSA300_RS05955 → / → SAUSA300_RS05960	hypothetical protein/hypothetical protein

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*	NC_007793	1,203,842	0	T	C	100.0%	77.7 / NA	31	intergenic (+118/‑319)	SAUSA300_RS05955/SAUSA300_RS05960	hypothetical protein/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (13/18);  total (13/18)

TATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAA  >  NC_007793/1203749‑1203937                                                                                              |                                                                                                ctacAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACccaacc                                                                                           >  1:49567/4‑100 (MQ=255)  atCAGGGGCTGCTTAACCACATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACccaacca                                                                                          >  1:3362156/1‑100 (MQ=255)      ggggCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTa                                                                                      <  1:4142891/100‑1 (MQ=255)              ttAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCATTTAAGAATACg                                                                              <  1:2481468/100‑1 (MQ=255)               tAACCGCATCCGAATATTACTAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCTTTTAAGAATATGa                                                                             >  1:460504/1‑100 (MQ=255)               tAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGa                                                                             >  1:3305273/1‑100 (MQ=255)                  ctgCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTa                                                                          <  1:1986256/98‑1 (MQ=255)                    cgaTCTGAATCTTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAAt                                                                        <  1:4349965/98‑1 (MQ=255)                                 aCAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGCCTaagatcg                                                           >  1:3661900/1‑95 (MQ=255)                                  cAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAGCCCAACCAATGAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTgg                                                          <  1:5694904/100‑1 (MQ=255)                                  cAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTaagatcgg                                                          >  1:3100293/1‑94 (MQ=255)                                  cAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTgg                                                          <  1:2224597/100‑1 (MQ=255)                                   aaaCACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGa                                                         <  1:6514965/100‑1 (MQ=255)                                          ataGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACGGGagatcgga                                                  >  1:59509/1‑93 (MQ=255)                                           caGCTTTTATTATATAATAAATTTATTAGCGGATTATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATTCTGGAATCACATa                                                 >  1:6587429/2‑100 (MQ=255)                                            aGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAAACAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGaagatcggca                                                >  1:4748360/1‑92 (MQ=255)                                                  tattatATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAAATAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAAc                                          <  1:5926685/100‑1 (MQ=255)                                                      atataAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATag                                      <  1:4586156/100‑2 (MQ=255)                                                              aaTTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCcctt                              <  1:97607/100‑2 (MQ=255)                                                              aaTTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCcctt                              <  1:91005/100‑2 (MQ=255)                                                              aaTTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCccta                              <  1:1463757/100‑2 (MQ=255)                                                                  tattaGCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCcctcctgt                          <  1:6176744/100‑3 (MQ=255)                                                                       gCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACtt                     <  1:5082857/100‑1 (MQ=255)                                                                       gCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACtt                     <  1:57669/100‑1 (MQ=255)                                                                       gCGGATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACtt                     <  1:1322829/100‑1 (MQ=255)                                                                       gCGGATAATTAACTCTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACtt                     <  1:4851381/100‑1 (MQ=255)                                                                          gATAATTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttgtt                  <  1:2791507/100‑4 (MQ=255)                                                                              aTTAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttaatttta              >  1:3808582/1‑100 (MQ=255)                                                                                tAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttaattttaat            >  1:4677634/1‑100 (MQ=255)                                                                                tAACTTTATTAAAACCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttaattttaat            >  1:4168638/1‑100 (MQ=255)                                                                                          aaaaCCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCaaa  >  1:3191881/1‑100 (MQ=255)                                                                                              |                                                                                                TATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAA  >  NC_007793/1203749‑1203937

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑