| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,196,186 | G→A | D187N (GAT→AAT) | SAUSA300_RS05925 → | aspartate carbamoyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,196,186 | 0 | G | A | 99.0% | 256.4 / ‑5.2 | 95 | D187N (GAT→AAT) | SAUSA300_RS05925 | aspartate carbamoyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (93/1); total (94/1) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
AGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATGATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGTTATAGAAACAGTAGATATAGTTATGTTATTAAGAATTCAACATGAAAGGCATGGGCTTG > NC_007793/1196089‑1196282 | agaCATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATTGTTTAAAAGCATTAGGCGCAAACGCATTGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTgataat > 1:1378709/1‑100 (MQ=255)agaCATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTgataat > 1:842732/1‑100 (MQ=255) gaCATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAAtt > 1:3813436/1‑100 (MQ=255) gaCATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAAtt > 1:4642370/1‑100 (MQ=255) cccGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCAcc > 1:6544989/3‑100 (MQ=255) gtCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATg > 1:1607657/1‑100 (MQ=255) ctCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATg > 1:4548510/2‑100 (MQ=255) cacGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATg > 1:2731091/3‑100 (MQ=255) ttgCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGt > 1:5699566/3‑100 (MQ=255) tCGCACGTAGGAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAAGAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATgg > 1:845520/1‑99 (MQ=255) ccGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGt > 1:5890058/2‑100 (MQ=255) ccGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGt > 1:4237730/2‑100 (MQ=255) ccGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGt > 1:3846998/2‑100 (MQ=255) ccGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGt > 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cGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTa > 1:6323676/1‑100 (MQ=255) cGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTa > 1:6467973/1‑100 (MQ=255) cGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTa > 1:2961027/1‑100 (MQ=255) cGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTa > 1:2670027/1‑100 (MQ=255) cGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTa > 1:1293547/1‑100 (MQ=255) cGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTa > 1:2039358/1‑100 (MQ=255) cGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTa > 1:2592529/1‑100 (MQ=255) cGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTa > 1:1167894/1‑100 (MQ=255) cGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGCTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTa > 1:6585938/1‑100 (MQ=255) gCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATGATTCTTTAGAAGCACCTTATGTaa > 1:5468734/1‑100 (MQ=255) gCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTaa > 1:4330230/1‑100 (MQ=255) gCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTaa > 1:6385305/1‑100 (MQ=255) gCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTCGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTaa > 1:5542465/1‑100 (MQ=255) acACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTaa > 1:6490502/2‑100 (MQ=255) cACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTaaa > 1:6387703/1‑100 (MQ=255) aCGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAat > 1:754911/1‑100 (MQ=255) aCGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAat > 1:5535680/1‑100 (MQ=255) gtagtaATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAatat > 1:573567/1‑100 (MQ=255) tACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTACTGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGatgatg > 1:5901187/1‑100 (MQ=255) tACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGatgatg > 1:6055083/1‑100 (MQ=255) tACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGatgatg > 1:5968931/1‑100 (MQ=255) tACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGatgatg > 1:5938505/1‑100 (MQ=255) tACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGatgatg > 1:4202020/1‑100 (MQ=255) tACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGatgatg > 1:4105776/1‑100 (MQ=255) tACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGatgatg > 1:399809/1‑100 (MQ=255) tACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGatgatg > 1:3484131/1‑100 (MQ=255) tACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGatgatg > 1:110286/1‑100 (MQ=255) aaCCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGatgatg > 1:759456/2‑100 (MQ=255) aaCCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGatgatg > 1:1024071/2‑100 (MQ=255) cccATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGt > 1:2004803/2‑100 (MQ=255) aCCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGt > 1:5812172/1‑100 (MQ=255) aCCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGt > 1:6326803/1‑100 (MQ=255) aCCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGt > 1:2195399/1‑100 (MQ=255) aCCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGt < 1:4149797/100‑1 (MQ=255) aCCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGt > 1:36278/1‑100 (MQ=255) ccATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGtt > 1:6032911/1‑100 (MQ=255) ccATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGtt > 1:3226199/1‑100 (MQ=255) ccATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGtt > 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1:5623534/1‑100 (MQ=255) gCTTGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGTTATAGAAACAGTAGATATAGTTATGTTATTAAGAATTCAACATGAAAGGc > 1:2766250/1‑100 (MQ=255) tttGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGTTATAGAAACAGTAGATATAGTTATGTTATTAAGAATTCAACATGAAAGGCa > 1:4510914/2‑100 (MQ=255) ttGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGTTATAGAAACAGTAGATATAGTTATGTTATTAAGAATTCAACATGAAAGGCAt > 1:1489542/1‑100 (MQ=255) tGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGTTATAGAAACAGTAGATATAGTTATGTTATTAAGAATTCAACATGAAAGGCacg > 1:5812010/1‑98 (MQ=255) tGGATTGATAATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGTTATAGAAACAGTAGATATAGTTATGTTATTAAGAATTCAACATGAAAGGCATg > 1:6235701/1‑100 (MQ=255) tgataaTTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGTTATAGAAACAGTAGATATAGTTATGTTATTAAGAATTCAACATGAAAGGCATgagatc > 1:4178463/1‑95 (MQ=255) tgataaTTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGTTATAGAAACAGTAGATATAGTTATGTTATTAAGAATTCAACATGAAAGGCATGGGCtt > 1:4448039/1‑100 (MQ=255) tgataaTTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGTTATAGAAACAGTAGATATAGTTATGTTATTAAGAATTCAACATGAAAGGCATGGGCtt > 1:1359426/1‑100 (MQ=255) tgataaTTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGTTATAGAAACAGTAGATATAGTTATGTTATTAAGAATTCAACATGAAAGGCATGGGCtt > 1:223447/1‑100 (MQ=255) agataatTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGTTATAGAAACAGTAAATATAGTTATGTTATTAAGAATTCAACATGAAAGGCACGGGcga > 1:5771628/2‑98 (MQ=255) gataatTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGTTATAGAAACAGTAGATATAGTTATGTTATTAAGAATTCAACATGAAAGGCATgggagat > 1:4721295/1‑96 (MQ=255) | AGACATTAAAAATTCACGTGTCGCACGTAGTAATTACCATAGTTTAAAAGCATTAGGTGCAAACGTAATGTTTAATAGCCCAAATGCTTGGATTGATGATTCTTTAGAAGCACCTTATGTAAATATAGATGATGTTATAGAAACAGTAGATATAGTTATGTTATTAAGAATTCAACATGAAAGGCATGGGCTTG > NC_007793/1196089‑1196282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |