| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,165,923 | T→G | intergenic (+126/+179) | SAUSA300_RS05770 → / ← SAUSA300_RS05775 | membrane protein/permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,165,923 | 0 | T | G | 99.6% | 742.3 / ‑4.3 | 267 | intergenic (+126/+179) | SAUSA300_RS05770/SAUSA300_RS05775 | membrane protein/permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (260/6); minor base . (1/0); total (261/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
TGTCAACTATTACAAAGACTAAAATAAAAATCTTTATTAATTATTTTATTGGTATATTAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGTTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCAGAAGGTATCATTGATAAGATCATATTAAATCAAAGAG > NC_007793/1165826‑1166019 | tGTCAACTATTACAAAGACTAAAATAAAAATCTTTATTAATTATTTTATTGGTATATTAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGgtt > 1:1320668/1‑100 (MQ=255) cAACTATTACAAAGACTAAAATAAAAATCCTTATTAATTATTTTATTGGAATATTAGCCTTGGCGCTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTaga > 1:1017053/1‑100 (MQ=255) cAACTATTACAAAGACTAAAATAAAAATATTTATTAATTATTTTATTGGTATATTAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTaga > 1:2151229/1‑100 (MQ=255) aTTACAAAGACTAAAATAAAAATCTTTATTAATTATTTTATTGGTATATTAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGaa > 1:3771453/1‑100 (MQ=255) aTTACAAAGACTAAAATAAAAATCTTTATTAATTATTTTATTGGTATATTAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGaa > 1:3228849/1‑100 (MQ=255) tACAAAGACTAAAATAAAAATCTTTATTAATTATTTTATTGGTATATTAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAAc > 1:3750233/1‑100 (MQ=255) 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tAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATTAAGGATAGAGTGAACCGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCa > 1:3614107/1‑100 (MQ=255) tAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGTACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTTTAGCTTTAG‑TCa > 1:1936050/1‑100 (MQ=255) tAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCa > 1:1562547/1‑100 (MQ=255) tAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCa > 1:1092632/1‑100 (MQ=255) tAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCa > 1:5078803/1‑100 (MQ=255) tAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCa > 1:4809289/1‑100 (MQ=255) tAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCa > 1:3566131/1‑100 (MQ=255) tAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCa > 1:2222126/1‑100 (MQ=255) tAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGATAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCa > 1:6270068/1‑100 (MQ=255) aGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTTAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCAg > 1:3651578/1‑100 (MQ=255) aGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGcatagatcgg > 1:2028647/1‑91 (MQ=255) aGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAgatcg > 1:3950844/1‑96 (MQ=255) aGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAgatcg > 1:5373623/1‑96 (MQ=255) aGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAgatcg > 1:5032182/1‑96 (MQ=255) aGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCaa > 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aGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCAg > 1:1185521/1‑100 (MQ=255) aGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCAg > 1:1898764/1‑100 (MQ=255) aGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAACTTCAgatcg > 1:5429715/1‑96 (MQ=255) tcTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTCTTTAAATAAAGGTTAGAGAGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATTGCTTTAG‑TCAGaa > 1:4662290/2‑100 (MQ=255) gcTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCAGaa > 1:2680167/2‑100 (MQ=255) cctGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATGGCTTTAgatcggaa > 1:4836006/3‑93 (MQ=255) cTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCATTAgatcggaa > 1:6614634/1‑93 (MQ=255) actGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCAGAAg > 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aaataaaGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCAGAAGGTATCATTGATAAAATCATATTAAATCa > 1:4862366/1‑100 (MQ=255) taaaGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCAGAAGGTATCATTGATAAGATCATATTAAACCAAag < 1:801739/100‑1 (MQ=255) acaaGGTTAGAGCGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCAGAAGGTATCATTGATAAGATCATATTAAACCaaga > 1:3431766/3‑98 (MQ=255) aaaaGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCAGAAGGTATCATTGATAAGATCATATTAAATCAAag > 1:2004918/2‑100 (MQ=255) aaaGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCAGAAGGTATCATTGATAAGATCATATTAAATCAAaga > 1:6212942/1‑100 (MQ=255) aaaGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCAGAAGGTATCATTGATAAGATCATATTAAATCAAaga > 1:4693871/1‑100 (MQ=255) aaGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCAGAAGGTATCATTGATAAGATCATATTAAATCAAagag > 1:5126762/1‑100 (MQ=255) | TGTCAACTATTACAAAGACTAAAATAAAAATCTTTATTAATTATTTTATTGGTATATTAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGTTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTATAGCTTTAG‑TCAGAAGGTATCATTGATAAGATCATATTAAATCAAAGAG > NC_007793/1165826‑1166019 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |