| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,134,908 | A→G | D615G (GAT→GGT) | SAUSA300_RS05590 → | phenylalanine‑‑tRNA ligase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,134,908 | 0 | A | G | 99.5% | 571.8 / NA | 217 | D615G (GAT→GGT) | SAUSA300_RS05590 | phenylalanine‑‑tRNA ligase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (207/9); total (208/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TCTTTGCTAATGGAGAAGGTGAACTACCAGATCAAGTTGAATATTTAAGTGGTATTTTAACTGGAGATTATGTAGTCAATCAATGGCAAGATAAGAAAGAAACGGTTGATTTCTATTTAGCAAAAGGTGTCGTG‑GATCGAGTATCTGAAAAGTTAAATCTTGAATTTAGTTATCGCCGTGCTGATA > NC_007793/1134818‑1135003 | tcttTGCTAATGGAGAAGGTGAACTACCAGATCAAGTTGAATATTTAAGTGGTATTTTAACTGGTGATTATGTAGTCAATCAATGGCAAGGTaagaaaga > 1:6314986/1‑100 (MQ=255)tcttTGCTAATGGAGAAGGTGAACTACCAGATCAAGTTGAATATTTAAGTGGTATTTTAACTGGAGATTATGTAGTCAATCAATGGCAAGGTaagaaaga > 1:5747182/1‑100 (MQ=255)tcttTGCTAATGGAGAAGGTGAACTACCAGATCAAGTTGAATATTTAAGTGGTATTTTAACTGGAGATTATGTAGTCAATCAATGGCAAGGTaagaaaga > 1:2137800/1‑100 (MQ=255)atcttGCTAATGGAGAAGGTGAACTACCAGATCAAGTTGAATATTTAAGTGGTATTTTAACTGGAGCTTATGTAGTCAATCAATGGCAAGGTaagaaaga > 1:6530466/4‑100 (MQ=255) cttTGCTAATGGAGAAGGTGAACTACCAGATCAAGTTGAATATTTAAGTGGTATTTTAACTGGAGATTATGTAGTCAATCAATGGCAAGGTAagaaagaa > 1:2434972/1‑100 (MQ=255) cttTGCTAATGGAGAAGGTGAACTACCAGATCAAGTTGAATATTTAAGTGGTATTTTAACTGGAGATTATGTAGTCAATCAATGGCAAGGTAagaaagaa > 1:5577579/1‑100 (MQ=255) 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1:1192717/4‑100 (MQ=255) tACCAGATCAAGTTGAATATTTAAGTGGTATTTTAACTGGAGATTATGTAGTCAATCAATGGCAAGGTAAGAAAGAAACGGTTGATTTCTATTTAGCaaa > 1:3119151/1‑100 (MQ=255) cgccAGATCAAGTTGAATATTTAAGTGGTATTTTAGCTGGAGATTATGTAGTCAATCAATGGCAAGGTAAGAAAGAAACGGTTGATTTCTATTTAGCaaa > 1:4350535/3‑100 (MQ=255) aCCAGATCAAGTTGAATATTTAAGTGGTATTTTAACTGGAGATTATGTAGTCAATCAATGGCAAGGTAAGAAAGAAACGGTTGATTTCTATTTAGCaaaa > 1:2531330/1‑100 (MQ=255) aCCAGATCAAGTTGAATATTTAAGTGGTATTTTAACTGGAGATTATGTAGTCAATCAATGGCAAGGTAAGAAAGAAACGGTTGATTTCTATTTAGCaaaa > 1:5562036/1‑100 (MQ=255) aCCAGATCAAGTTGAATATTTAAGTGGTATTTTAACTGGAGATTATGTAGTCAATCAATGGCAAGGTAAGAAAGAAACGGTTGATTTCTATTTAGCaaaa > 1:3033937/1‑100 (MQ=255) aCCAGATCAAGTTGAATATTTAAGTGGTATTTTAACTGGAGATTATGTAGTCAATCAATGGCAAGGTAAGAAAGAAACGGTTGATTTCTATTTAGCaaaa > 1:3908333/1‑100 (MQ=255) tggcAAGTTGAATATTTAAGTGGTATTTTAACTGGAGATTATGTAGTCAATCAATGGCAAGGTAAGAAAGAAACGGTTGATTTCTATTTAGCAAAAGgtc > 1:187453/4‑99 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |