| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,113,988 | G→A | A37A (GCG→GCA) | SAUSA300_RS05465 → | protoheme IX farnesyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,113,988 | 0 | G | A | 98.8% | 216.6 / ‑5.7 | 81 | A37A (GCG→GCA) | SAUSA300_RS05465 | protoheme IX farnesyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (79/1); total (79/2) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
ACTTTGTCACAAAATATTAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCGGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACTTTAATTATGGGTGGC > NC_007793/1113893‑1114087 | aCTTTGTCACAAAATATTAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGgcg > 1:4164074/1‑100 (MQ=255)aCTTTGTCACAAAATATTAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGgcg > 1:6144351/1‑100 (MQ=255)aCTTTGTCACAAAATATTAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGgcg > 1:2672443/1‑100 (MQ=255)aCTTTGTCACAAAATATTAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGgcg > 1:5419627/1‑100 (MQ=255) cacaAAATATTAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCt > 1:4786553/1‑100 (MQ=255) cacaAAATATTAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCt < 1:4295881/100‑1 (MQ=255) cacaAAATATTAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCt > 1:407591/1‑100 (MQ=255) caaTATTAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCa > 1:1035193/2‑100 (MQ=255) ttttAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGtt > 1:1527484/3‑100 (MQ=255) ccttAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGtt > 1:3391025/3‑100 (MQ=255) atTAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGACTAGCAgatc > 1:3074742/1‑97 (MQ=255) ttAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGt > 1:6043256/1‑100 (MQ=255) tAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTa > 1:5291693/1‑100 (MQ=255) tAGCAGAGTTAACGTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTa > 1:6481252/1‑100 (MQ=255) aGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTaa > 1:3526243/1‑100 (MQ=255) taatcctCAAAGAATTGCAACAGATAATTCAAATGGGACTCGTTCAAGGCAACTTAATTCCAGCTTGTGCAGCCGCATGGCTAGCAGTTGCAATGACaaa > 1:6408387/7‑100 (MQ=255) cAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTcc > 1:5175756/1‑100 (MQ=255) aTTGCAACAGCTAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTa > 1:2282641/1‑100 (MQ=255) ctGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTat > 1:2895589/2‑100 (MQ=255) tGCAGCAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTatc > 1:4549155/1‑100 (MQ=255) tGCAACAGATAATTAAACTGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTatc > 1:4008686/1‑100 (MQ=255) tGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTatc > 1:5682076/1‑100 (MQ=255) tGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTatc > 1:4051800/1‑100 (MQ=255) tGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTatc > 1:5814648/1‑100 (MQ=255) tGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTatc > 1:4614143/1‑100 (MQ=255) tGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTatc > 1:1104839/1‑100 (MQ=255) cAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTatcat > 1:5056973/1‑100 (MQ=255) taCAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTatcatc > 1:4860653/2‑100 (MQ=255) cccAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTatcatc > 1:5353367/3‑100 (MQ=255) ccAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTAtcatca > 1:2465676/2‑100 (MQ=255) aCAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTAtcatca > 1:4122453/1‑100 (MQ=255) cAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCaa > 1:4853495/1‑100 (MQ=255) tgATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAAt > 1:525969/2‑100 (MQ=255) aGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAAt > 1:6252791/1‑100 (MQ=255) taaaTGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCaaa > 1:532299/2‑100 (MQ=255) aTGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAAttt > 1:678188/1‑100 (MQ=255) tGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAGAtcgg > 1:2355424/1‑97 (MQ=255) tGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAAtttt > 1:2975598/1‑100 (MQ=255) tGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAAtttt > 1:4634997/1‑100 (MQ=255) gggACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAGTACCTCAAATTtta > 1:4841545/1‑100 (MQ=255) gggACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTtta > 1:3387410/1‑100 (MQ=255) gggACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTtta > 1:1376101/1‑100 (MQ=255) gggACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTtta > 1:5116828/1‑100 (MQ=255) gggACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTtta > 1:2594386/1‑100 (MQ=255) gggACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTtta > 1:3221214/1‑100 (MQ=255) gACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTttatt > 1:4695062/1‑100 (MQ=255) tcctGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGCAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTttatta > 1:1845761/4‑100 (MQ=255) cTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTaa > 1:747007/1‑100 (MQ=255) tGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTTCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCTTTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATg > 1:1831512/1‑100 (MQ=255) tGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACACATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATg > 1:5369626/1‑100 (MQ=255) tGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATg > 1:1035135/1‑100 (MQ=255) tGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATg > 1:3202680/1‑100 (MQ=255) gTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGc > 1:3939783/1‑100 (MQ=255) tCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTa > 1:2156243/1‑100 (MQ=255) tCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTa > 1:4385345/1‑100 (MQ=255) ccAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTa > 1:2888837/2‑100 (MQ=255) acAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTa > 1:1851149/2‑100 (MQ=255) cAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTAt > 1:587501/1‑100 (MQ=255) aaGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTAtt > 1:1016096/1‑100 (MQ=255) aaGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTAtt > 1:402219/1‑100 (MQ=255) aaGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTAtt > 1:4515449/1‑100 (MQ=255) tAACTTAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGa > 1:4476518/1‑100 (MQ=255) tAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTAc > 1:4542239/1‑100 (MQ=255) tAATTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTAc > 1:3033453/1‑100 (MQ=255) ctgccGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCCTCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACtt > 1:4450141/4‑100 (MQ=255) aTTCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACtt > 1:3685453/1‑100 (MQ=255) ttCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACttt > 1:6395100/1‑100 (MQ=255) ttCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACttt > 1:4541969/1‑100 (MQ=255) atCCGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGATAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACttt > 1:6371969/2‑100 (MQ=255) agccGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACttt > 1:61037/3‑100 (MQ=255) ccGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACTTTaa > 1:1062409/1‑100 (MQ=255) ccGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACTTTaa > 1:6480505/1‑100 (MQ=255) cGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACTTTAAt > 1:6414006/1‑100 (MQ=255) cGGCTTTTGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTCAGATcggaagagca > 1:5751913/1‑91 (MQ=255) tttGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACTTTAATTATgg > 1:4766017/1‑100 (MQ=255) ttGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACTTTAATTATggg > 1:664796/1‑100 (MQ=255) ttGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACTTTAATTATggg > 1:4484556/1‑100 (MQ=255) tGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACTTTAATTATGGGt > 1:3145646/1‑100 (MQ=255) tGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACTTTAATTATGGGt > 1:6420912/1‑100 (MQ=255) tGCAGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACTTTAATTATGGGt > 1:6007022/1‑100 (MQ=255) gCGGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCGCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTGCTTTAATTATGGGTg < 1:5448971/100‑1 (MQ=255) gggCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACTTTAATTATGGGTGgc < 1:5753056/100‑1 (MQ=255) | ACTTTGTCACAAAATATTAGCAGAGTTAACTTCAAAGAATTGCAACAGATAATTAAAATGGGACTTGTTCAAGGTAACTTAATTCCGGCTTTTGCGGGCGCATGGCTAGCAGTTGTAATGACAAATCATTCCTTCTTATCATCAATACCTCAAATTTTATTAATGCTATTTGGATCTACTTTAATTATGGGTGGC > NC_007793/1113893‑1114087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |