Predicted mutation
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RA	NC_007793	1,112,481	C→A	intergenic (+94/+46)	SAUSA300_RS05455 → / ← SAUSA300_RS05460	pyruvate carboxylase/heme A synthase

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	1,112,481	0	C	A	100.0%	87.1 / NA	33	intergenic (+94/+46)	SAUSA300_RS05455/SAUSA300_RS05460	pyruvate carboxylase/heme A synthase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (14/19);  total (14/19)

ACACAACAATTGACGTGTAATCTCGTTTTTACATGGCTTAGGTTTAATTTTAAATATTGATATAAAAAACCGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGTTATTGCTTGTCACTTCTTACTGATCGTAACATTAGCATGATA  >  NC_007793/1112411‑1112569                                                                       |                                                                                         acacAACAATTGACGTGTAATCTCGTTTTTACATGGCTTAGGTTTAATTTTAAATATTGATAT‑AAAAACAGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTa                                                            >  1:1702629/1‑100 (MQ=255)                    aTCTCG‑TTTTACATGGCTTAGGTTTAATTTTAAATATTGATATAAAAAACAGTAATTTTAATAGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGTTAt                                         >  1:2714829/1‑100 (MQ=255)                          tttttACATGGCTTAGGTTTAATTTTAAATATTGATATAAAAAACAGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGTTATTGcct                                    <  1:1992341/100‑3 (MQ=255) 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                                       aGGTTTAATTTTAAATATTGATATAAAAAACAGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGTTATTGCTTGTCACTTCTTACTg                      <  1:4321993/100‑1 (MQ=255)                                        aGGTTTAATTTTAAATATTGATATAAAAAACAGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGTTATTGCTTGTCACTTCTTACTg                      <  1:3066780/100‑1 (MQ=255)                                        aGGTTTAATTTTAAATATTGATATAAAAAACAGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTGGCGTTTTTGTTATTGCTTGTCACTTCTTACTg                      <  1:2884700/100‑1 (MQ=255)                                             ttaTTTTAAATATTGATATAAAAAACAGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGGTTGCTTTTTTGTTATTGCTTGTCACTTCTTACTgcaggc                 <  1:5611939/98‑6 (MQ=255)                                                   tAAATATTGATATAAAAAACAGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGTTATTGCTTGTCACTTCTTACTGATCGTAACAtt           <  1:3325843/100‑1 (MQ=255)                                                          tGATATAAAAAACAGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGTTATTGCTTGTCACTTCTTACTGATCGTAACATTAGCATGa    <  1:3966249/100‑1 (MQ=255)                                                           gATATAAAAAACAGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGTTATTGCTTGTCACTTCTTACTGATCGTAACATTAGCATGag   <  1:1806523/100‑2 (MQ=255)                                                            atatAAAAAACAGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGTTATTGCTTGTCACTTCTTACTGATCGTAACATTAGCATGATa  <  1:5143259/100‑1 (MQ=255)                                                            atatAAAAAACAGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGTTATTGCTTGTCACTTCTTACTGATCGTAACATTAGCATGATa  <  1:2545593/100‑1 (MQ=255)                                                            atatAAAAAACAGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGTTATTGCTTGTCACTTCTTACTGATCGTAACATTAGCATGATa  <  1:6368592/100‑1 (MQ=255)                                                                       |                                                                                         ACACAACAATTGACGTGTAATCTCGTTTTTACATGGCTTAGGTTTAATTTTAAATATTGATATAAAAAACCGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGTTATTGCTTGTCACTTCTTACTGATCGTAACATTAGCATGATA  >  NC_007793/1112411‑1112569

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑