| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,101,321 | A→G | L80L (TTA→CTA) | SAUSA300_RS05410 ← | divalent metal cation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,101,321 | 0 | A | G | 88.6% | 1081.0 / 91.4 | 528 | L80L (TTA→CTA) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/40); new base G (3/465); total (23/505) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.25e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 533 total aligned reads displayed.
AAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCATATTGGGCGCCACCTTGCATTGATGTTATCCAGTTTCCGGGATCCATGTA > NC_007793/1101223‑1101420 | caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:4923201/90‑1 (MQ=255) caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:1188852/90‑1 (MQ=255) caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:3833604/90‑1 (MQ=255) caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:1590866/90‑1 (MQ=255) caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:4369157/90‑1 (MQ=255) ggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACTGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCtag < 1:6507441/92‑3 (MQ=255) 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1:123319/99‑5 (MQ=255) tgctcttccgaTCTCACTGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCATATTGGGCGCCACCtt < 1:4091889/90‑1 (MQ=255) tcACTGTCATGCTTTGAAGCAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATCGCCATATTGGGCGCCACCTTGCATTGATGTTAt > 1:3491147/1‑100 (MQ=255) cACTGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGGTAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCATATTGGGCGCCACCTTGCATTGATGTTATc > 1:4219398/1‑100 (MQ=255) cACTGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCATATTGGGCGCCACCTTGCATTGATGTTATc > 1:2872839/1‑100 (MQ=255) cACTGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCATATTGGGCGCCACCTTGCATTGATGTTATc > 1:3774498/1‑100 (MQ=255) catGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCATATTGGGCGCCACCTTGCATTGATGTTATcc > 1:3174111/3‑100 (MQ=255) aCTGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCATATTGGGCGCCACCTTGCATTGATGTTATcc < 1:1461377/100‑1 (MQ=255) tGCTTTGAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCATATTGGGCGCCACCTTGCATTGATGTTATCCAGTTTcc > 1:4243254/1‑100 (MQ=255) gCTTTGAAGTAACATTGCTGGTAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCATATTGGGCGCCACCTTGCATTGATGTTATCCAGTTTCCg < 1:5755486/100‑1 (MQ=255) tttGAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCATATTGGGCGCCACCTTGCATTGATGTTATCCAGTTTCCggg < 1:1946493/100‑1 (MQ=255) gAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCATATTGGGCGCCACCTTGCATTGATGTTATCCAGTTTCCGGGagc < 1:5253280/100‑3 (MQ=255) | AAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCATATTGGGCGCCACCTTGCATTGATGTTATCCAGTTTCCGGGATCCATGTA > NC_007793/1101223‑1101420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |