| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,101,316 | A→T | L81L (CTT→CTA) | SAUSA300_RS05410 ← | divalent metal cation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,101,316 | 0 | A | T | 88.9% | 1300.7 / 111.6 | 527 | L81L (CTT→CTA) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/38); new base T (3/464); total (23/504) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 531 total aligned reads displayed.
GATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCATATTGGGCGCCACCTTGCATTGATGTTATCCAGTTTCCGGGATCC > NC_007793/1101217‑1101415 | gATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGGCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCATGCTTTGa < 1:2273978/100‑1 (MQ=255) caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:5891546/90‑1 (MQ=255) caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:1188852/90‑1 (MQ=255) caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:3833604/90‑1 (MQ=255) caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:4689108/90‑1 (MQ=255) caggcttatttaaaaaaTGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCATACTTTGTAACAGCATAGCAGATAAGCt < 1:6252543/90‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |