| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,101,274 | G→A | D95D (GAC→GAT) | SAUSA300_RS05410 ← | divalent metal cation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,101,274 | 0 | G | A | 91.8% | 3426.7 / 133.1 | 1378 | D95D (GAC→GAT) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/111); new base A (5/1258); total (7/1371) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1381 total aligned reads displayed.
AACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGG‑TCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAATAGCAAAGTATAGCCAT > NC_007793/1101175‑1101371 | gCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGG‑CTTATTTAAAAAATGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATAc < 1:5810384/100‑1 (MQ=255) gCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGG‑‑CTTATTTAAAAATGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATAcc < 1:3639017/100‑1 (MQ=255) cAATATCAGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGG‑CTTATTTAAAAAATGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATAcc < 1:822535/100‑1 (MQ=255) aaTATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGG‑CTTATTTAAAAAATGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATAcca < 1:4243739/100‑2 (MQ=255) cgatCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGG‑TCTTGATAAATAATTTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTg < 1:5484535/98‑1 (MQ=255) atatCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGG‑TCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTg < 1:4399817/100‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |