| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,101,268 | A→T | A97A (GCT→GCA) | SAUSA300_RS05410 ← | divalent metal cation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,101,268 | 0 | A | T | 91.0% | 3600.6 / 227.7 | 1367 | A97A (GCT→GCA) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/121); new base T (6/1235); total (8/1359) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1367 total aligned reads displayed.
AATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGG‑TCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAGAATTACGAA > NC_007793/1101172‑1101354 | taTAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGG‑CTTATTTAAAAAATGACGTGTCATTTGTGCt < 1:659192/99‑1 (MQ=255) aTAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGG‑CTTATTTAAAAAATGACGTGTCATTTGTGCTa < 1:2206677/100‑1 (MQ=255) aTAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGG‑CTTATTTAAAAAATGACGTGTCATTTGTGCTa < 1:5308824/100‑1 (MQ=255) aTAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGG‑CTTATTTAAAAAATGACGTGTCATTTGTGCTa < 1:2767168/100‑1 (MQ=255) aTAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGG‑TCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTa < 1:4741638/100‑1 (MQ=255) atcttCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGG‑TCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAg < 1:5604598/96‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |