| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,101,251 | T→A | Y103F (TAT→TTT) | SAUSA300_RS05410 ← | divalent metal cation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,101,251 | 0 | T | A | 86.6% | 3123.8 / inf | 1265 | Y103F (TAT→TTT) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/166); new base A (7/1088); total (10/1255) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1435 total aligned reads displayed.
CAATAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCATGCTTTGAAGTAACATTGCTGATAAACTTGAAATAAG > NC_007793/1101159‑1101345 | aGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCGTGTc < 1:2306262/100‑1 (MQ=255) aGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCGTGTc < 1:1353201/100‑1 (MQ=255) gcgctgcctaTAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTTAAAAAATGACGTGTCa < 1:2611239/91‑1 (MQ=255) taTAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTTAAAAAATGACGTGTCATTTGTGCt < 1:5758308/99‑1 (MQ=255) taTAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTTAAAAAATGACGTGTCATTTGTGCt < 1:5840110/99‑1 (MQ=255) aTAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTTAAAAAATGACGTGTCATTTGTGCTa < 1:2206677/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |