| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,101,226 | G→C | I111M (ATC→ATG) | SAUSA300_RS05410 ← | divalent metal cation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,101,226 | 0 | G | C | 86.6% | 3184.1 / inf | 1266 | I111M (ATC→ATG) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/168); new base C (7/1088); total (9/1257) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.28e-03 | |||||||||||
Only 100 of 1266 total aligned reads displayed.
TGTTAAATAGGAGATTAAGAGCAATAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGAT‑AAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCATGCTTTGAAGTAAC > NC_007793/1101138‑1101322 | aTAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGAT‑AAATAATGTCgtg < 1:657612/100‑1 (MQ=255) aGCGCTGCCTATAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTT‑AAAAAATGACgtgtg < 1:1047705/100‑2 (MQ=255) aGCGCTGCCTATAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTT‑AAAAAATGACGTGTc < 1:6253221/100‑1 (MQ=255) aGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGAT‑AAATAATGTCGTGTc < 1:3469852/100‑1 (MQ=255) aGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGAT‑AAATAATGTCGTGTc < 1:1449729/100‑1 (MQ=255) gcgctgcctaTAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTT‑AAAAAATGACGTGTCa < 1:2611239/91‑1 (MQ=255) 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ttCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGAT‑AAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTc < 1:6604932/100‑1 (MQ=255) ttCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTT‑AAAAAATGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTc < 1:5952472/100‑1 (MQ=255) ttCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTT‑AAAAAATGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTc < 1:4457817/100‑1 (MQ=255) cTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTT‑AAAAAATGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCAt < 1:6020484/100‑1 (MQ=255) cTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTT‑AAAAAATGACGTGTCATTTGTGCTAAATCCATACCAGTTGCTATTCCTAATCTTACAGTCAt < 1:4848280/100‑1 (MQ=255) gCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGAT‑AAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCaggg < 1:4161077/100‑4 (MQ=255) gATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGAT‑AAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCATGCTTTGa < 1:1825148/100‑1 (MQ=255) | TGTTAAATAGGAGATTAAGAGCAATAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGAT‑AAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCATGCTTTGAAGTAAC > NC_007793/1101138‑1101322 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |