| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,101,217 | G→A | I114I (ATC→ATT) | SAUSA300_RS05410 ← | divalent metal cation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,101,217 | 0 | G | A | 86.4% | 2801.3 / 244.2 | 1269 | I114I (ATC→ATT) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/171); new base A (7/1088); total (9/1260) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1280 total aligned reads displayed.
TGCACCGACGATTAAAGGTATGTTAAATAGGAGATTAAGAGCAATAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTGTCATGCTTTGA > NC_007793/1101118‑1101316 | tGCACCGACGATTAAAGGTATGTTAAATAGGAGATTAAGAGCAATAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATg < 1:5770152/100‑1 (MQ=255) acgaTTAAAGGTATGTTAAATAGGAGATTAAGAGCAATAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCaaa < 1:5212048/100‑1 (MQ=255) aGCGCTGCCTATAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTTAAAAAATGACgtgtg < 1:1047705/100‑2 (MQ=255) aGCGCTGCCTATAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTTAAAAAATGACGTGTc < 1:3257048/100‑1 (MQ=255) aGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCGTGTc < 1:1449729/100‑1 (MQ=255) taTAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTTAAAAAATGACGTGTCATTTGTGCt < 1:3676037/99‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |