| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,101,207 | G→A | L118L (CTA→TTA) | SAUSA300_RS05410 ← | divalent metal cation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,101,207 | 0 | G | A | 85.9% | 2613.0 / 240.2 | 1203 | L118L (CTA→TTA) | SAUSA300_RS05410 | divalent metal cation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/168); new base A (6/1026); total (8/1195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1204 total aligned reads displayed.
TTAGTGCACCGACGATTAAAGGTATGTTAAATAGGAGATTAAGAGCAATAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCGTGTCATTTGAGCTAAGTCCATACCTGTTGCTATTCCTAATCTCACTG > NC_007793/1101114‑1101305 | tGCACCGACGATTAAAGGTATGTTAAATAGGAGATTAAGAGCAATAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATg < 1:5770152/100‑1 (MQ=255) aTAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCgtg > 1:6221619/1‑100 (MQ=255) aTAGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCATGATAAATAATGTCgtc < 1:5334048/100‑2 (MQ=255) aGCGCTGCCTATAACTTCTGCAATATCAGTAGCGATAATTGCTAATTCTGCAATAATCCAGAACATAATTGCTACAGGCTTATTTAAAAAATGACGTGTc < 1:1628311/100‑1 (MQ=255) aGCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGATTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCGTGTc < 1:6048694/100‑1 (MQ=255) gCACTACCAATAACCTCAGCAATATCTGTAGCGATAATTGCTAGTTCTGCAATGATCCAAAAGGTTATAGCAATAGGTCTTGATAAATAATGTCGTGTCa < 1:6473125/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |