| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 1,069,644 | C→T | P71S (CCA→TCA) | SAUSA300_RS05245 → | phosphoribosylamine‑‑glycine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 1,069,644 | 0 | C | T | 99.8% | 1571.8 / NA | 545 | P71S (CCA→TCA) | SAUSA300_RS05245 | phosphoribosylamine‑‑glycine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (503/41); total (503/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.71e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 545 total aligned reads displayed.
ACCTATAGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTCCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCAAATCGAAGGC > NC_007793/1069547‑1069739 | gccTATAGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCa > 1:701281/2‑100 (MQ=255)cccTATAGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCa > 1:5864157/2‑100 (MQ=255) ataGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAAc > 1:1133213/1‑100 (MQ=255) ataGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAAc > 1:6593387/1‑100 (MQ=255) ataGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAAc > 1:4150946/1‑100 (MQ=255) ataGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAAc > 1:3334040/1‑100 (MQ=255) 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gATCATCAAGCGATACTAGTTTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTAc > 1:5205594/1‑100 (MQ=255) gATCATCAAGCGATACTAGCTTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTAc > 1:1608820/1‑100 (MQ=255) gATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGCTTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCGGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTAc > 1:5736711/1‑100 (MQ=255) gATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTAc > 1:5361959/1‑100 (MQ=255) gATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTAc > 1:2950489/1‑100 (MQ=255) gATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTAc > 1:3976733/1‑100 (MQ=255) gATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTAc > 1:3521879/1‑100 (MQ=255) gATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTAc > 1:5191283/1‑100 (MQ=255) gATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTAc > 1:4689327/1‑100 (MQ=255) gATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTAc > 1:6285564/1‑100 (MQ=255) gATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTAc > 1:6385934/1‑100 (MQ=255) gATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGAAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTAc > 1:6059010/1‑100 (MQ=255) attgtcaAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTCCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACAtttggta < 1:5702106/96‑5 (MQ=255) atcatcAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACg < 1:6436659/100‑1 (MQ=255) acacaGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGc > 1:6336993/5‑100 (MQ=255) tcaAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCTACATGTTGATTGGGTAGTTATACGTTCAGAACAGCCGCTCATTGTTGGATTAGCAAACCTTTTACGAGCg > 1:3670607/1‑100 (MQ=255) tcaAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCg < 1:5289972/100‑1 (MQ=255) acaAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCg > 1:5500843/2‑100 (MQ=255) caAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGa > 1:5761160/1‑100 (MQ=255) caAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGa > 1:896109/1‑100 (MQ=255) tAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCaa > 1:4734625/1‑100 (MQ=255) tAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCaa < 1:4094205/100‑1 (MQ=255) gtgtgaCGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTg > 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ctGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATaagca > 1:3461374/2‑100 (MQ=255) ctGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGCTTGGTCCAAATaagca > 1:4916395/2‑100 (MQ=255) aTGTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATaagca < 1:512639/100‑1 (MQ=255) gTTGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCACAGTGTTTGGTCCAAATaagcaag > 1:3403982/1‑100 (MQ=255) ttGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCTGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATaagcaagc < 1:1459825/100‑1 (MQ=255) ttGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATaagcaagc < 1:1890150/100‑1 (MQ=255) tGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAagcaagca > 1:5016569/1‑100 (MQ=255) tGATTGGGTAGTTATAGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAagcaagca > 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1:5415753/1‑90 (MQ=255) ataGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAACAAGCAGATcggaagagca > 1:3872761/1‑91 (MQ=255) ataGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGCTTCAACGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCAAATCGAAg > 1:2288974/1‑100 (MQ=255) ttggTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCAAATCGAAgg > 1:6525203/3‑100 (MQ=255) taGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCAAATCGAAgg > 1:764122/1‑100 (MQ=255) aaGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGGGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCAAATCGAAgg > 1:6027042/2‑100 (MQ=255) aGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCaagatcggaag > 1:1182744/1‑91 (MQ=255) aGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCaagatcggaag > 1:4264919/1‑91 (MQ=255) aGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCAAATCGAAGGc > 1:4674305/1‑100 (MQ=255) aGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCAAATCGAAGGc > 1:803605/1‑100 (MQ=255) aGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCAAATCGAAGGc > 1:3015665/1‑100 (MQ=255) aGGTTCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAACTCaagatcggaag > 1:280242/1‑91 (MQ=255) | ACCTATAGCTGAAGTACACACTGAAATTTCAGAATCTGATCATCAAGCGATACTAGATTTTGCTAAACGGCAAAATGTTGATTGGGTAGTTATAGGTCCAGAACAGCCGCTAATTGATGGATTAGCAGACATTTTACGAGCGAATGGTTTCAAAGTGTTTGGTCCAAATAAGCAAGCAGCTCAAATCGAAGGC > NC_007793/1069547‑1069739 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |