Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007793	1,027,238	C→T	P64S (CCA→TCA)	SAUSA300_RS05040 →	hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	1,027,238	0	C	T	100.0%	75.1 / NA	27	P64S (CCA→TCA)	SAUSA300_RS05040	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (27/0);  total (27/0)

TATGAGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCCCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATGTTGAAGAAGAATTTTATCATACATATAACGAATTAATTGTTAAATATACTGA  >  NC_007793/1027151‑1027323                                                                                        |                                                                                      tATGAGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCAttaaatttaa                                                                           >  1:4438806/1‑100 (MQ=255)  aTGAGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCAttaaatttaaa                                                                          >  1:134411/1‑100 (MQ=255)    tggCAGATAGAGCCAACTATAGAAGCCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTtaaata                                                                        >  1:3408885/3‑100 (MQ=255)    gAGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTtaaata                                                                        >  1:5512036/1‑100 (MQ=255)    gAGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTtaaata                                                                        >  1:4494647/1‑100 (MQ=255)    gAGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTtaaata                                                                        >  1:2557983/1‑100 (MQ=255)    gAGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTtaaata                                                                        >  1:3072865/1‑100 (MQ=255)    caGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTtaaata                                                                        >  1:797075/2‑100 (MQ=255)      gCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTtaaataaa                                                                      >  1:4139324/1‑100 (MQ=255)      gCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTtaaataaa                                                                      >  1:555795/1‑100 (MQ=255)       cAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAAc                                                                     >  1:466374/1‑100 (MQ=255)         gATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAACTGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACtt                                                                   >  1:2470949/1‑100 (MQ=255)            agagCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTtaat                                                                >  1:3181411/1‑100 (MQ=255)            agagCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTtaat                                                                >  1:4368594/1‑100 (MQ=255)              agCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTtaataa                                                              >  1:3411989/1‑100 (MQ=255)              agCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTtaataa                                                              >  1:6540822/1‑100 (MQ=255)              agCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTtaataa                                                              >  1:5939102/1‑100 (MQ=255)               gCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTACATAAACTTaataat                                                             >  1:4939164/1‑100 (MQ=255)               gCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTaataat                                                             >  1:1376379/1‑100 (MQ=255)                ccAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAAtt                                                            >  1:4327596/1‑100 (MQ=255)                ataaCTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAAtt                                                            >  1:1605693/3‑100 (MQ=255)                      ataGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATg                                                      >  1:1878697/1‑100 (MQ=255)                      ataGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATg                                                      >  1:5788806/1‑100 (MQ=255)                      ataGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATg                                                      >  1:2818139/1‑100 (MQ=255)                                ctaaTGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATGTTgaagaaga                                            >  1:3241886/3‑100 (MQ=255)                                aaaaTGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATGTTgaagaaga                                            >  1:4277033/1‑100 (MQ=255)                                                                          agTCAATTATAAGCTCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATGTTGAAGAAGAATTTTATCATACATATAACGAATTAATTGTTAAATATACTGa  >  1:2335039/2‑100 (MQ=255)                                                                                        |                                                                                      TATGAGCAGATAGAGCCAACTATAGAAGTCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAATGGATATTTTATTGCGTCAATTATAAGCCCATTAAATTTAAATAAACTTAATAATTTATATGTTGAAGAAGAATTTTATCATACATATAACGAATTAATTGTTAAATATACTGA  >  NC_007793/1027151‑1027323

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑