Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_007793 862,125 T→G intergenic (+176/‑45) SAUSA300_RS04165 → / → SAUSA300_RS04170 clumping factor A/coagulase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_007793862,1250TG100.0% 127.6 / NA 49intergenic (+176/‑45)SAUSA300_RS04165/SAUSA300_RS04170clumping factor A/coagulase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base G (49/0);  total (49/0)

GGCTTGGCGAAAAAATAGGGTGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCATTATGTGTATCACAA  >  NC_007793/862105‑862220
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     ggcGAAAAAATAGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAATTTTATCATTGGGAGCATTAt             >  1:2680858/1‑100 (MQ=255)
        caaaaaaTAGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCATTAtgtg          >  1:2320932/2‑100 (MQ=255)
             tagaGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCATTATGTGTATca     >  1:5126688/4‑100 (MQ=255)
             caTAGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCATTATGTGTATca     >  1:6630285/2‑100 (MQ=255)
             aaTAGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCATTATGTGTATca     >  1:2407882/1‑100 (MQ=255)
             aaTAGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAAGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCATTATGTGTATca     >  1:4175625/1‑100 (MQ=255)
              ctAGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCATTATGTGTATcac    >  1:6194970/2‑100 (MQ=255)
              aTAGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCATTATGTGTATcac    >  1:4817460/1‑100 (MQ=255)
                aGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCATTATGTGTATCACaa  >  1:342028/1‑100 (MQ=255)
                aGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCATTATGTGTATCACaa  >  1:3144586/1‑100 (MQ=255)
                aGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCATTATGTGTATCACaa  >  1:6050235/1‑100 (MQ=255)
                aGGGGGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCATTATGTGTATCACaa  >  1:4298896/1‑100 (MQ=255)
                    |                                                                                               
GGCTTGGCGAAAAAATAGGGTGTAAGGTAGGTTGTTAATTAGGGAAAATTAAGGAGAAAATACAGTTGAAAAATAAATTGCTAGTTTTATCATTGGGAGCATTATGTGTATCACAA  >  NC_007793/862105‑862220

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑