Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_007793	829,334	C→T	intergenic (+550/‑112)	SAUSA300_RS04005 → / → SAUSA300_RS04010	ABC‑ATPase UvrA/HPr kinase/phosphorylase

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007793	829,334	0	C	T	100.0%	14.4 / NA	7	intergenic (+550/‑112)	SAUSA300_RS04005/SAUSA300_RS04010	ABC‑ATPase UvrA/HPr kinase/phosphorylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (6/1);  total (6/1)

TCATTGATTTTTGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAACAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGT  >  NC_007793/829239‑829373                                                                                                |                                        cccgtGATTTTTGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAataataataata                                     >  1:3089594/5‑100 (MQ=255)           ttGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAAtt                           >  1:927982/1‑100 (MQ=255)            tGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTa                          >  1:4470060/1‑100 (MQ=255)            tGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTa                          >  1:6412049/1‑100 (MQ=255)                       tttATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTAtttt               >  1:805916/1‑100 (MQ=255)                         tATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAg             >  1:4967789/1‑100 (MQ=255)                                    gAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGt  <  1:3910750/100‑1 (MQ=255)                                    gAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAATAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGt  >  1:6537094/1‑100 (MQ=255)                                                                                                |                                        TCATTGATTTTTGGCTCGGACTTTTATGGCGATATGAACCATGTAAATTAAGCAAGCAATAAATTAATGATTGATATTGACTTGTAAAATAATAACAATAATGAACAATTAATATTTATTTTAGCTTTTCAATGT  >  NC_007793/829239‑829373

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑