| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 807,173 | A→G | intergenic (+80/+109) | SAUSA300_RS03910 → / ← SAUSA300_RS03915 | glycerate kinase/peptidase T |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 807,173 | 0 | A | G | 81.0% | 28.2 / 2.4 | 21 | intergenic (+80/+109) | SAUSA300_RS03910/SAUSA300_RS03915 | glycerate kinase/peptidase T |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base G (17/0); total (19/2) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.86e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
TTAATGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAG‑A‑AGATCGAAAGTATACGTAAAAAATATGAAAAATCACGCTATCATTGCACTGAATGTTAGCGTGATTTTTATATATTAATTAAGCCTGAGTTGAACT > NC_007793/807077‑807262 | acaaTGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAACTAG‑A‑AGATCGGAAg > 1:3638798/3‑100 (MQ=255) tAATGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAG‑G‑AGATCGGAAga > 1:361405/1‑99 (MQ=255) tAATGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAAT‑‑G‑A‑AGATCGGAAgagc > 1:3436522/1‑97 (MQ=255) tAATGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAAGAAG‑A‑AGATCGGAAga > 1:4013358/1‑99 (MQ=255) gaaTGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAAGCAG‑A‑AGATCGGAAga > 1:5099997/2‑99 (MQ=255) aaTGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAGCAAG‑A‑AGATCGGAAgag > 1:6602913/1‑98 (MQ=255) aaTGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATGAG‑A‑AGATCGGAAgag > 1:1867660/1‑98 (MQ=255) aaTGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAAT‑‑G‑A‑AGATCGGAAgagca > 1:4426149/1‑96 (MQ=255) aaTGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAAGTAG‑G‑AGATCGGAAgag > 1:368964/1‑98 (MQ=255) aaTGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAACTAT‑A‑AGATCGGAAgag > 1:5700509/1‑98 (MQ=255) gtGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAG‑A‑AGATCGGAAgagc > 1:3825544/2‑97 (MQ=255) aTGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAGTA‑AGATCGGAAgag > 1:3898203/1‑98 (MQ=255) cttGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGCTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGA‑‑GAG‑A‑AGATCGGAAgagcacac > 1:6158335/2‑93 (MQ=255) ctGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAG‑A‑AGATCGGAAgagcaca > 1:660286/2‑94 (MQ=255) tGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAG‑ATAGATCGGAAgagcaca > 1:2951188/1‑94 (MQ=255) tGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAAGTAGAA‑AGATCGGAAgagcaca > 1:4096713/1‑94 (MQ=255) ggTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTGG‑A‑AGATCGGAAgagcacacgtc > 1:1424855/1‑90 (MQ=255) tAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAG‑A‑AGATCGAAAGTATACGTAAAAAat > 1:820798/1‑100 (MQ=255) aaaTTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAG‑A‑AGATCGAAAGTATACGTAAAAAAGATGAAAGATcggaag > 1:2654660/1‑95 (MQ=255) aaaaCGAATTAG‑A‑AGATCGAAAGTATACGTAAAAAATATGAAAAATCACGCTATCATTGCACTGAATGTTAGCGTGATTTTTATATATTAATTAAGCCTg < 1:1917052/100‑1 (MQ=255) tAG‑A‑AGATCGAAAGTATACGTAAAAAATATGAAAAATCACGCTATCATTGCACTGAATGTTAGCGTGATTTTTATATATTAATTAAGCCTGAGTTGAACt < 1:1898816/100‑1 (MQ=255) | TTAATGTTGAGGTTTAGTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAG‑A‑AGATCGAAAGTATACGTAAAAAATATGAAAAATCACGCTATCATTGCACTGAATGTTAGCGTGATTTTTATATATTAATTAAGCCTGAGTTGAACT > NC_007793/807077‑807262 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |