| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007793 | 735,182 | C→T | intergenic (+54/‑61) | SAUSA300_RS03535 → / → SAUSA300_RS03540 | hypothetical protein/sugar MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007793 | 735,182 | 0 | C | T | 93.8% | 17.3 / ‑4.5 | 16 | intergenic (+54/‑61) | SAUSA300_RS03535/SAUSA300_RS03540 | hypothetical protein/sugar MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (15/0); total (16/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
GGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTT > NC_007793/735085‑735253 | gggACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAGAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGc > 1:2749167/1‑100 (MQ=11)gggACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAATTTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGc > 1:1698735/1‑100 (MQ=11)gggACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAACGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGc > 1:5359230/1‑100 (MQ=11)gggACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGc > 1:272625/1‑100 (MQ=11)gggACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGc > 1:4062767/1‑100 (MQ=11)gggACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGc > 1:5100430/1‑100 (MQ=11)aggACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGc > 1:5436861/2‑100 (MQ=11)aggACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAACGc > 1:864577/2‑100 (MQ=255) ggACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCa > 1:2774423/1‑100 (MQ=11) aCAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCAcc > 1:4277658/1‑100 (MQ=1) ctaaGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCa > 1:4378312/3‑100 (MQ=11) cAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCa > 1:4258643/1‑100 (MQ=11) aaaTTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAACgggagat > 1:1737355/1‑96 (MQ=11) tAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCggggagatcgg > 1:1882982/1‑93 (MQ=14) ctaaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCggggcagatcgg > 1:781003/3‑92 (MQ=14) ctcaCAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGtt > 1:5597198/4‑100 (MQ=255) | GGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTT > NC_007793/735085‑735253 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |