Predicted mutation
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RA	NC_007793	735,175	A→T	intergenic (+47/‑68)	SAUSA300_RS03535 → / → SAUSA300_RS03540	hypothetical protein/sugar MFS transporter

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*	NC_007793	735,175	0	A	T	100.0%	47.7 / NA	27	intergenic (+47/‑68)	SAUSA300_RS03535/SAUSA300_RS03540	hypothetical protein/sugar MFS transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (27/0);  total (27/0)

AAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTT  >  NC_007793/735080‑735253                                                                                                |                                                                               accaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCt                                                                            >  1:6524856/4‑100 (MQ=14) aaaaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCt                                                                            >  1:6263755/1‑100 (MQ=255) aaaaGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCt                                                                            >  1:4203588/1‑100 (MQ=255) 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AAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGTTGCTAATGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGCTCTAAGAAGCGGGGTTATGGATATGTT  >  NC_007793/735080‑735253

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑