Predicted mutation
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RA	NC_007793	659,368	G→A	intergenic (+257/‑196)	SAUSA300_RS03135 → / → SAUSA300_RS03140	hypothetical protein/hypothetical protein

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*	NC_007793	659,368	0	G	A	100.0%	89.6 / NA	34	intergenic (+257/‑196)	SAUSA300_RS03135/SAUSA300_RS03140	hypothetical protein/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (34/0);  total (34/0)

TGATAGCTCTTATAACATTGGCGTTTTTAATCCAATAGTATGGACGGTTTTAGCTGGTTTTGTTGCGGAATCTGTTTAGACAATTCTTAAAAATTGGACTTTTCATACTAATAAATTTGGATTAAGAGATAAAACTAATTGGATAAGACATTAAATAGACGCT  >  NC_007793/659295‑659457                                                                          |                                                                                          tGATAGCTCTTATAACATTGGCGTTTTTAATCCAATAGTATGGACGGTTTTAGCTGGTTTTGTTGCGGAATCTATTTAGACAATTCTTAAAAATTGGACt                                                                 >  1:1345960/1‑100 (MQ=255)            ataACATTGGCGTTTTTAATCCAATAGTATGGACGGTTTTAGCTGGTTTTGTTGCGGAATCTATTTAGACAATTCTTAAAAATTGGACTTTTCATACtaa                                                      >  1:5196122/1‑100 (MQ=255)                  ttGGCGTTTTTAATCCAATAGTATGGACGGTTTTAGCTGGTTTTGTTGCGGAATCTATTTAGACAATTCTTAAAAATTGGACTTTTCATACTAATAAAtt                                                >  1:6268049/1‑100 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑